RESUMO O objetivo deste estudo foi comparar três métodos de aprendizagem sobre Anatomia e Fisiologia do Sistema Miofuncional Orofacial quanto à motivação para a aprendizagem em Fonoaudiologia. Participaram 36 estudantes do segundo ano de graduação, após assinatura de termo de consentimento livre e esclarecido. Cada estudante foi alocado randomicamente nos grupos: Grupo I (GI) – 12 participantes do Método Interativo 1 (MI1); Grupo II (GII) – 12 participantes do Método Interativo 2 (MI2); Grupo III (GIII) – 12 participantes do Método Tradicional (MT). Os métodos de aprendizagem foram aplicados durante horário de estudo complementar semanal, após aula expositiva de disciplina obrigatória. Concluída a aplicação dos métodos de aprendizagem, foi aplicado o questionário Instructional Materials Motivation Survey para avaliar a motivação. Os dados foram submetidos à análise estatística no software SPSS versão 21. A comparação entre os grupos foi realizada pela ANOVA seguida pelo teste post hoc de Tukey. O nível de significância foi de 5%. Os grupos diferiram em todos os aspectos avaliados e na pontuação total (F2,33=3691,17 p<0,001). O GII teve maior pontuação geral (GI x GII = p=0,015; GI x GIII = p=0,115; GII x GIII = p<0,001). Com relação à atenção (GII x GIII = p=0,001) e à confiança (GII x GIII = p=0,003), o GII teve maior pontuação que o GIII. Não houve diferença quanto à relevância. O GII teve a maior pontuação para satisfação (GI x GII = p=0,023; GII x GIII = p<0,001). Neste estudo, foi observado que o modelo computacional 3D foi mais eficiente para motivar os estudantes durante a aprendizagem.