Linking adults and immatures of South African marine fishes

Abstract

Abstract:The early life-history stages of fishes are poorly known, impeding acquisition of the identifications needed to monitor larval recruitment and year-class strength. A comprehensive database of COI sequences, linked to authoritatively identified voucher specimens, promises to change this situation, representing a significant advance for fisheries science. Barcode records were obtained from 2526 early larvae and pelagic eggs of fishes collected on the inshore shelf within 5 km of the KwaZulu-Natal coast, about 50 km south of Durban, South Africa. Barcodes were also obtained from 3215 adults, representing 946 South African fish species. Using the COI reference library on BOLD based on adults, 89% of the immature fishes could be identified to a species level; they represented 450 species. Most of the uncertain sequences could be assigned to a genus, family, or order; only 92 specimens (4%) were unassigned. Accumulation curves based on inference of phylogenetic diversity indicate near-completeness of the collecting effort. The entire set of adult and larval fishes included 1006 species, representing 43% of all fish species known from South African waters. However, this total included 189 species not previously recorded from this region. The fact that almost 90% of the immatures gained a species identification demonstrates the power and completeness of the DNA barcode reference library for fishes generated during the 10 years of FishBOL.Key words: DNA barcoding, fish, larval fish, fish eggs.Résumé : Les premiers stades de développement des poissons sont peu connus, ce qui limite l'acquisition des identifications requises pour suivre le recrutement larvaire et l'abondance d'une cohorte annuelle. Une base de données extensives des séquences COI, associée à des spécimens de référence identifiés par des autorités en la matière, promet de changer cette situation et représente une avancée significative pour les sciences aquatiques. Des codes à barres ont été obtenus pour 2526 stades larvaires précoces ou d'oeufs pélagiques d'espèces de poissons échantillonnés sur le plateau continental à l'intérieur d'une zone de 5 km de la côte du KwaZulu-Natal, à environ 50 km au sud de Durban, en Afrique du Sud. Des codes à barres ont également été obtenus pour 3215 adultes représentant 946 espèces de poissons d'Afrique du Sud. À l'aide d'une collection de référence COI sur BOLD, basée sur des poissons adultes, 89 % des poissons immatures ont été identifiés au niveau de l'espèce; ils représentaient au-delà de 450 espèces. La plupart des séquences d'origine incertaine ont été assignées à un genre, une famille ou un ordre et seuls 92 spécimens (4 %) sont demeurés non-assignés. Les courbes d'accumulation basées sur une inférence de la diversité phylogénétique suggèrent que l'effort d'échantillonnage s'est avéré presque complet. La collection entière de poissons adultes et immatures comprenait 1006 espèces, ce que représente 43 % de toutes les espèces connues dans les eaux de l'Afrique du Sud. Cependant, ce total comprend 189 espèces...

First Record of African Angel Shark, Squatina africana (Chondricthyes: Squatinidae) in Indian Waters, Confirmed by DNA Barcoding

“…From this study we observed that the inter-specific divergence varied from 7.4 to 10.8% in Squatina with a minimum intraspecific distance of 1.3% in S. africana. The neighbor joining network showed 8 and 9 mutation steps between the present sample (KY497255) and S. africana (HQ945896 and HQ945905) from Tugela Deep (Steinke et al, 2016) and 15 mutation steps between the present study and S. africana (FN431674, FN431680-82, FN431684, FN431688) from South African east coast (Stelbrink et al, 2010) (Fig. 2).…”

“…Pair-wise genetic distances (Kimura 2 parameter) based on COI sequences from Squatina spp. (FN431752) and S. californica (FN431717) (Ward et al, 2008;Stelbrink et al, 2009;Moftah et al, 2011;Steinke et al, 2016). The pairwise genetic distance value (k2p) based on COI sequences were given in Table 2.…”

Improving the Conservation of Mediterranean Chondrichthyans: The ELASMOMED DNA Barcode Reference Library

“…At CBG 650bp of the mitochondrial COI region were obtained by following standardized high-throughput protocols for DNA barcode amplification and sequencing [81]. At UNIBO the same COI fragment was amplified using the primer set FishF2 and FishR2 following the protocol described in Ward et al [82].…”

From writing to reading the encyclopedia of life

“…Firstly, it is providing an increasingly effective identification 'service' for groups with a well-parametrized barcode reference library. Secondly, it is accelerating taxonomic progress by aiding the recognition of species and by facilitating the connection of their life stages [100] and sexes [101], associations that are often challenging without barcode data. For example, more than half of all genera of phorid flies are only known from one sex [102], creating high risk for synonymy.…”