Longitudinal analysis of HIV-1 BF1 recombinant strains in vertically infected children from Argentina reveals a decrease in CRF12_BF pol gene mosaic patterns and high diversity of BF unique recombinant forms

Abstract

The HIV-1 epidemic associated to BF1 recombinants in South America is both complex and intriguing, with an underestimated diversity of recombinant structures. Our aim was to explore the characteristics and temporal dynamics of the HIV-1 BF1 epidemic in Argentina, through the study of 172 HIV-1 pol BF1 recombinant sequences obtained from HIV-1 vertically infected patients born from 1986 to 2008. Recombination patterns were characterized by bootscanning, subtype signature analysis, and phylogenetic approaches. Proportion of sequences sharing common ancestry and recombination breakpoints with the Circulating Recombinant Form (CRF) CRF12_BF was compared against sequences with a non-CRF12_BF pattern in three study periods, and by fitting the data to a logistic model. Twenty-eight HIV-1 pol BF1 mosaic structures were identified, including four of the seven South-American CRF_BF-like patterns. However, common ancestry of these sequences with reference CRF strains only confirmed the presence of CRF12_BF (51.1%) and CRF17_BF (1.2%) among the Argentine BF pol sequences. Most non-CRF_BF-like recombinant patterns shared at least one common recombination breakpoint with CRF12_BF. The number of transmissions caused by CRF12_BF viruses decreased in a linear way over time, from 69% in the period 1986-1993 to 46% in 2001-2008. In conclusion, the diversity of HIV-1 pol BF1 recombinant structures in Argentina is much more complex than previously described, with at least two CRFs_BF and 26 BF1 unique recombinant forms. For the first time, we provide evidence of a decrease in the proportion of CRF12_BF viruses transmitted from mother-to-child since the start of the epidemic to the present time in Argentina.

Análise e caracterização molecular, estrutural e populacional de proteases de HIV-1 do Estado de São Paulo.

“…Mas, diferentemente de Estados Unidos e Europa, na década de 1990 surgiram as primeiras sequências discordantes. O subtipo F, inicialmente descrito no Gabão, passou a ser encontrado no Brasil (Louwagie et al, 1993;, e posteriormente na Argentina (Aulicino et al, 2011). Em pouco tempo formas recombinantes BF passaram a ser descritas (Sabino et al, 1994), e a primeira CRF BF, a CRF12_BF foi descrita em 2001 na Argentina .…”

“…Na Argentina, a expansão dos recombinantes BF foi muito mais acentuada, dividida em duas epidemias, uma causada pelo subtipo B em HSHs, e outra causada pelos recombinantes BF em usuários de drogas injetáveis (UDIs) e heterossexuais . Desde 1996, os UDIs e heterossexuais passaram a constituir o maior grupo de risco , e o crescimento dos recombinantes foi um dos maiores registrados para o HIV-1 , gerando novas formas recombinantes e chegando a 85% dos casos de infecção infantil (Aulicino et al, 2011).…”

“…Enquanto na Argentina ainda predominam variantes derivadas da CRF12_BF com linhagens definidas (Aulicino et al, 2011), o Brasil possui diversas CRFs com origens distintas (Thomson et al, 2004), e muita diversidade de URFs Tanuri et al, 1999;Vicente et al, 2000;Guimaraes et al, 2010). Ao contrário de CRFs mais bem estabelecidas, que causam grandes epidemias bem definidas, como as CRF01_AE e 16 1 INTRODUÇÃO Atila Iamarino CRF02_AG (Carr et al, 1996(Carr et al, , 1998Gao et al, 1996; Tebit e Arts, 2011), os recombinantes BF compõe diversas CRFs com múltiplos pontos de quebra.…”

“…Retrospectivamente, o subtipo F e recombinantes derivados foram encontrados muito antes na Argentina, com evidências de 1985 (Aulicino et al, 2011). No Brasil, as primeiras sequências deste subtipo foram encontradas quase uma década depois (Louwagie et al, 1993(Louwagie et al, , 1994) -embora um dos pacientes recombinantes estudado aqui (0063) tenha sido diagnosticado em 1985 (Melo et al, 2011), não se pode afirmar com certeza que ele tenha sido infectado inicialmente por um vírus recombinante.…”

“…Desta forma, recombinantes BF seguem como um dos maiores responsáveis por novos casos na América do Sul (Sucupira et al, 2007a;Teixeira et al, 2010;Aulicino et al, 2011), gerando novas URFs e CRFs, como a reavaliação de recombinantes BF realizada por Zhang et al indica, e dando …”