As macrófitas aquáticas, em sua maioria, são plantas vasculares que estão presentes desde áreas encharcadas até as completamente alagadas. A Amazônia possui grande diversidade de espécies de macrófitas, por conta da sua variedade de ambientes alagados ou encharcados. Portanto, com intuito de contribuir para o conhecimento de macrófitas na Amazônia, o objetivo deste trabalho foi realizar o levantamento das espécies de macrófitas aquáticas na Estação Experimental de Piscicultura Carlos Estevão de Oliveira da Embrapa Amazônia Oriental, Pará, Brasil analisando o efeito dos regimes de chuva, e do ambiente (viveiros e tanques) da piscicultura na comunidade de macrófitas. As coletas foram realizadas nos meses de Janeiro, Março, Julho e Setembro. Os dados abióticos foram coletados utilizando uma sonda multiparâmetro. Para testar o efeito do ambiente e do período, a análise de escalonamento multidimensional não-métrico e a análise de componentes principais no software PAST 4.12b. Foram registradas 82 espécies, 58 gêneros e 38 famílias, com destaque para as famílias Cyperaceae (15 spp.), Asteraceae (seis spp.), Fabaceae e Poaceae (cinco spp. cada). As principais formas de vida foram anfíbias (63%,) anfíbia e emergentes (15%) e emergentes (11%). A variação na pluviosidade não afetou significativamente a composição das espécies. O ambiente influenciou a composição e os biótipos das espécies de macrófitas. Houve o primeiro registro de Hydrocotyle ranunculoides para o Estado do Pará. O levantamento revelou que a estação possui grande riqueza de espécies que podem ser utilizadas para o manejo e controle das espécies na piscicultura.