La cuenca del río Suquía (superficie ~6300 km2) es un sistema hidrológico de mediana extensión, ubicado en la provincia de Córdoba, en la región central de Argentina. El río Suquía nace del lago San Roque, discurre por sectores serranos, atraviesa una ciudad densamente poblada (Córdoba: 1.5 millones de habitantes) y continúa su curso por la llanura Chaco-Pampeana donde se desarrollan actividades agrícolas y ganaderas. Debido a diversas actividades urbanas e industriales, el río recibe, a lo largo de su curso, aportes contaminantes, los cuales se depositan aguas abajo, en el lecho del mismo. Los resultados de los análisis geoquímicos y magnéticos de los sedimentos depositados en el lecho principal del río, permitieron evaluar el grado de contaminación de este sistema natural. Se extrajeron muestras de sedimento de fondo del cauce del río y se separaron distintas fracciones granulométricas para determinaciones magnéticas. Se utilizaron métodos de magnetismo ambiental (susceptibilidad magnética y magnetización remanente anhistérica) para la identificación y cuantificación de minerales magnéticos, entre ellos, ferrimagnéticos del tipo magnetita. En la fracción limo-arcilla (< 62.5 mm) se determinaron óxidos mayores y elementos traza. Desde el punto de vista geoquímico los sedimentos evidencian un bajo grado de madurez mineralógica y son equivalentes a lutitas y lutitas ricas en Fe. Los indicadores de contaminación (Índice de Geoacumulación, Igeo; Factor de Enriquecimiento, FE; Contaminación Urbana Industrial, C.U.I.) arrojaron los valores más altos en el área serrana, donde también se registraron los mayores valores de susceptibilidad magnética, debido a factores naturales potenciados por la explotación de canteras. En el área urbana se registraron los valores más bajos de contaminación, mientras que, en la zona rural, se determinó un grado de contaminación moderado a alto, asociado a las actividades agrícolas propias del uso de la tierra. De este modo, los procesos que dan origen a las características geoquímicas y magnéticas de estos sedimentos se diferencian espacialmente a lo largo de la cuenca y se deben a factores tanto naturales como antrópicos. Además, las concentraciones de metales en los sedimentos se han incrementado en la última década en toda la cuenca. La correlación significativa entre variables geoquímicas y parámetros magnéticos demuestra la potencialidad de estudios combinados como una metodología de monitoreo ambiental en sistemas hídricos.