Breeding for disease resistance in crops has mainly been accomplished by incorporating single resistance (R) genes. There are advantages to quantitative resistance in terms of durability but breeding for this type of resistance is difficult. New technologies in genomics and proteomics are providing insights into disease-resistance pathways. Structural genomics can identify genomic regions that carry genes controlling these pathways and provide a means for identifying and cloning the genes involved. High-throughput molecular breeding can be used to rapidly assess a large number of lines and select for multiple-resistance quantitative trait loci. This makes breeding for complex resistance types feasible. Functional genomics can identify genes involved in the resistance pathway. By merging structural and functional genomics it will be possible to correlate complex patterns of gene expression with genomic regions and identify key elements that control entire pathways. To fully understand the pathways it is necessary to look at posttranslational modification of proteins, as this is a fundamental mechanism involved in transducing the signal from the cell membrane to the nucleus to activate the resistance. Phosphoproteomics will help to discover proteins involved in the signalling pathways.Résumé : L'amélioration génétique des cultures pour la résistance aux maladies a été principalement accomplie par l'introduction de gènes de résistance (R) individuels. La résistance quantitative présente des avantages de durabilité, mais l'amélioration pour ce type de résistance est ardue. Les nouvelles technologies en génomique et en protéomique nous permettent de jeter un regard nouveau sur les voies métaboliques de résistance aux maladies. La génomique de structure permet d'identifier les régions du génome contenant des gènes qui contrôlent ces voies et nous offre la possibilité d'identifier et de cloner les gènes impliqués. L'amélioration moléculaire à haute capacité peut être utilisée pour rapidement évaluer de nombreuses lignées et pour sélectionner en fonction de plusieurs locus de caractère quantitatif. L'amélioration pour des types de résistance complexes est ainsi rendue possible. La génomique fonctionnelle permet d'identifier des gènes impliqués dans les voies métaboliques de résistance. En réunissant les génomiques de structure et fonctionnelle, il sera possible de faire le lien entre des schèmes complexes d'expression génétique et des régions du génome, et d'identifier les éléments clés qui contrôlent des voies entières. Pour bien comprendre les voies métaboliques, il est essentiel d'examiner les modifications post-traduction des protéines puisqu'il s'agit d'un mécanisme fondamental impliqué dans la transduction du signal de la membrane cellulaire au noyau afin d'activer la résistance. La phosphoprotéomique stimulera la découverte de protéines impliquées dans les voies de signalisation.