ResumoO estuário do rio Cachoeira (ERC) é maior estuário do sul da Bahia e recebe efluentes domésticos, agrícolas e industriais de treze municípios nos quais são potenciais fontes de matéria orgânica (MO) e de elementos-traço. Os estudos de caracterização ambiental realizados do ERC não contemplam a avaliação e caracterização de elementos-traços biodisponíveis no sedimento e sua relação com parâmetros ambientais e hidrodinâmicos. Este estudo teve como objetivo fazer a primeira avaliação da distribuição da fração biodisponível de elementos-traço no sedimento de fundo do ERC, a fim de reconhecer compartimentos ambientais e sedimentológicos associados ao grau de poluição e/ou de degradação ambiental. A amostragem foi realizada em novembro de 2016 ao longo de 30 estações pré-estabelecidas onde foram medidos em campo os parâmetros físico-químicos da coluna d'água e separado amostras destinadas as análises granulométrica e geoquímica. O estuário do rio Cachoeira mostrou grande heterogeneidade espacial das variáveis ambientais que é resultado tanto de ordem natural quanto antrópica. A influência marinha foi evidenciada por alto valores de salinidade e pH que se estende até 11 km da foz. A influência antrópica foi perceptível no aumento expressivo do percentual de MO nas estações próximas a estação de tratamento de esgoto e nas proximidades aos rios Itacanoeira e Santana. Altas concentrações de elementostraço biodisponíveis foram encontradas no sedimento, com destaque para o As, Cu, Hg, Ni, Pb e Zn que estavam em concentrações superiores aos limites estabelecidos por agência de proteção ambiental. A alta concentração de elementos-traço na fase biodisponível no ERC é resultado da alta hidrodinâmica local que é a característica de estuários de meso-maré bem misturados.