RESUMO O robalo peva, Centropomus parallelus, é uma espécie de alto valor comercial e ampla distribuição geográfica nas Américas, sendo um dos pescados mais capturados e de grande importância econômica da Reserva Extrativista Marinha de Canavieiras, Bahia. O estudo genético em torno da estrutura de população é um aporte primordial para a implantação de programas de manejo e preservação dos estoques. Neste contexto, este trabalho objetivou caracterizar geneticamente o robalo peva da RESEX de Canavieiras, através de marcadores ISSR, para contribuir na conservação e no plano de manejo da espécie. No período do estudo foram capturados 115 indivíduos aleatoriamente em diferentes pesqueiros ao longo do estuário da RESEX de Canavieiras, possibilitando a formação de um banco genético "in vitro" para espécie. As extrações de DNA foram realizadas segundo o protocolo de fenol clorofórmio e amplificados via a técnica de PCR (reação em cadeia polimerase) por meio de marcadores ISSR. O material genético foi submetido a eletroforese em gel de agarose a 2% e fotodocumentado em transluminador de luz ultravioleta L-PIX Loccus Biotecnologia. Foram testados 15 primers do quais 5 foram selecionados por apresentarem boa amplificação. Os cinco primers utilizados se mostraram eficientes na detecção da variabilidade genética, gerando um total de 196 loci, cerca de 72,6% de apresentação das bandas polimórficas, os números de bandas por população variaram entre 36 a 44, com uma média de 39 por população. A partir da análise do dendrograma e de coordenadas principais (PCoA) foi possível observar as unidades genéticas distintas entre os pontos amostrados demonstrando que a maior parte da variabilidade genética se dá dentro das populações em suas localidades devido ao compartilhamento de alelos em comum, indicando um alto fluxo gênico entre as unidades amostrais. A alta variabilidade genética de C. parallelus encontrada na área estudada é de grande importância para a conservação da espécie, sendo fundamental a aplicação de medidas de manejo para a manutenção do estoque, garantindo assim sua produtividade pesqueira.