Atividades portuárias são importantes economicamente, mas são consideradas fontes de substâncias tóxicas devido à presença de poluentes capazes de afetar negativamente os organismos dos ecossistemas aquáticos. Peixes se mostram sensíveis aos poluentes, podendo apresentar respostas como alterações morfológicas, bioquímicas e histológicas, conhecidas como biomarcadores. analisar biomarcadores histológicos (alterações hepáticas e branquiais) no bagre estuarino Sciades herzbergii (Bloch, 1794), contribuindo com informações científicas sobre a situação ambiental da região portuária e de uma área de proteção ambiental de São Luís -MA. Vinte espécimes foram coletados no período de estiagem, em marés de quadratura, utilizando-se armadilhas de pesca fixas, conhecidas como tapagem. Os peixes foram coletados, acondicionados e seus órgãos fixados em formol e submetidos ao procedimento histológico padrão. Foram realizados cortes transversais que passaram pelo processo de coloração, para montagem em lâminas para fins histológicos. Foram ainda obtidos dados abióticos da água e de morfometria dos peixes. As principais alterações branquiais encontradas em ambas as regiões foram: deslocamento do epitélio, com 35% (A1) e 39,53% (A2), e fusão das lamelas secundárias, com 16,66% (A1) e 30,23% (A2). Quanto ao fígado, as alterações mais observadas em ambas as regiões foram os centros de melanomacrófagos, correspondentes a 41,21% (A1) e 36,58% (A2), degeneração tecidual mais frequente em A1 com 19,50% e vacuolização bastante presente em A2, com 17,07%. Biomarcadores branquiais foram mais presentes nos peixes em Porto Grande e alterações hepáticas foram mais frequentes nos bagres na Ilha dos Caranguejos. A partir do somatório estatístico de biomarcadores em brânquias e fígado de cada organismo, os peixes da região do Porto apresentaram um maior número de alterações. Todavia, como os organismos da região de Proteção Ambiental também demonstraram alterações severas conforme os índices de Bernet, é possível inferir que ambas as regiões estudadas estão impactadas e influenciando nas respostas histológicas dos peixes analisados.