Kualitas biji kakao merupakan faktor utama yang menentukan rasa, aroma, dan karakteristik produk cokelat yang dihasilkan. Oleh karena itu, optimasi pascapanen kakao yang mencakup umur panen/indek panen, fermentasi biji kakao dan pengeringan biji memiliki peran penting dalam memastikan kualitas biji kakao. Penentuan umur panen secara konvensional menghasilkan kualitas biji tidak seragam. Saat ini dihasilkan suatu model yang dihubungkan dengan komputer untuk mengidentifikasi tingkat kematangan buah kakao dengan menggabungkan penggunaan teknik spektrogram dan deep learning melalui Convolutional Neural Network (CNN) untuk mengklasifikasikan tingkat kematangan biji kakao berdasarkan suara yang dihasilkan saat pod kakao dipukul (thumping) yang dikenal dengan Metode Deep Learning. Pengolahan citra digital juga dapat digunakan untuk menentukan indek kematangan buah kakao dengan menggunakan tabel warna berdasarkan parameter warna dan indeks kematangan. Proses fermentasi dipengaruhi oleh suhu, oksigen, air dan substrat. Untuk mencapai suhu optimal (44-48°C) dan warna biji kakao yang dihasilkan lebih baik dapat dilakukan dengan menggunakan wadah kotak kayu ukuran besar (70 cm x 90 cm x 100 cm). Jenis wadah juga mempengaruhi hasil fermentasi. Untuk skala kecil, tas jute jauh lebih baik karena diperoleh suhu maksimum, jumlah biji terfermentasi lebih tinggi dan rasa pahit berkurang. Metode pengeringan dengan sinar matahari terbuka, tenaga surya, oven, microwave, dan pengeringan beku telah diteliti untuk pengeringan biji kakao dengan tujuan meningkatkan kualitas akhir biji kakao. Optimasi metode pengeringan biji kakao dapat dilakukan dengan pengering rumah kaca tenaga surya (pada suhu 21–52°C), karena dapat menghilangkan risiko jamur dan kontaminasi eksternal pada biji kakao akibat hujan dan hama serta menghasilkan kualitas biji sesuai standar mutu standar SNI 2323-2008/Amandemen 1:2010