A distribuição da contaminação por mercúrio no sistema estuarino de Santos -São Vicente foi observada pela análise de 31 amostras de sedimentos coletadas desse sistema, incluindo as áreas de manguezais localizadas em zonas sob influência urbana, industrial e portuária. Os valores obtidos de Hg variaram de 0,04 a 1,19 μg g -1 , sendo que cerca de 90% das amostras apresentaram concentrações superiores a 0,13 μg g -1 , limite estabelecido pela legislação Canadense e adotado pela Companhia de Tecnologia e Saneamento Ambiental de São Paulo (CETESB), abaixo do qual não é observado efeito adverso na comunidade biológica. Entre estas, cerca de 35% possui teor de Hg > 0,70 μg g -1 , provável nível de ocorrência de efeito adverso à comunidade biológica, indicando um aumento devido às atividades industriais, portuárias e urbanas. A fim de se verificar a relação entre os parâmetros investigados, foi feita análise estatística empregando-se o software SPSS-10.0. Utilizou-se o teor de lama para normalizar o de Hg, como recurso para detectar o grau de contaminação da região.The distribution of mercury contamination in the Santos -São Vicente Estuarine System was observed through the analysis of 31 sediments samples collected from that system, including mangrove areas under urban, industrial and harbor influence zones. The range of values obtained was between 0.04 and 1.19 μg g -1 . About 90% of samples presented Hg > 0.13 μg g -1 levels, which is the limit established by Canadian legislation and adopted by the environmental control agency of São Paulo State -Brazil (CETESB), below which no adverse effect on the biological community has been observed. About 35% of these samples presented concentrations of Hg > 0.70 μg g -1 , the probable level of occurrence of adverse effect on the biological community. These results indicate an increase in the mercury levels caused by industrial, port and urban activities. A statistical study was carried out, using the SPSS-10.0 software, to verify relationships among all the investigated parameters. Normalization of mercury with mud content was used to detect the degree of mercury contamination in this area.