Métagénomique virale et pathologie

Bernardo, Pauline; Albina, Emmanuel; Éloit, Marc; Filloux, Denis

doi:10.1051/medsci/2013295013

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“…Les séquences obtenues sont identifiées par similarité (BLAST, basic local alignement search tool) avec celles de banques de données (GenBank, NCBI) [13]. Ces approches produisent un volume considérable de données qu'il est donc nécessaire de traiter dans des modèles bioinformatiques très complexes, l'ensemble du procédé définissant un « pipeline » pouvant être dédié à différentes applications [10,14,15] De nombreux « pipelines » ont ainsi été générés pour des applications diverses dans le domaine de la virologie incluant des études d'écologie microbienne, la caractérisation de nouveaux virus, ou encore l'exploration de la pathogenèse virale [16]. Le nombre de publications scientifiques décrivant ce type d'application dans le domaine de la virologie est en croissance exponentielle depuis les 5 dernières années.…”

Section: Principe Et Application De La Métagénomique Viraleunclassified

Le virome humain

Foulongne

2015

Revue Francophone des Laboratoires

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publicly funded repositories, such as the WHO COVID database with rights for unrestricted research re-use and analyses in any form or by any means with acknowledgement of the original source. These permissions are granted for free by Elsevier for as long as the COVID-19 resource centre remains active. MICROBIOTE HUMAIN REVUE FRANCOPHONEDES LABORATOIRES -FÉVRIER 2015 -N°469// 59 article reçu le 1 er juillet, accepté le 23 septembre 2014 © 2015 -Elsevier Masson SAS -Tous droits réservés. RÉSUMÉLe virome humain est une représentation exhaustive des virus capables d'infecter l'homme. Cette dénomination regroupe bien sûr les virus eucaryotes responsables d'infections aiguës, d'infections chroniques et d'infections latentes, qu'elles soient symptomatiques ou non, mais également les virus procaryotes en raison de leurs rôles sur les communautés bactériennes hébergées dans les flores humaines. Certains auteurs incluent également les séquences virales endogènes conservées dans le génome humain au cours de l'évolution. Les techniques récentes de séquençage profond à haut débit ont permis de mieux caractériser le virome humain. Ces approches ont permis la description de nombreux nouveaux virus et également confirmé que les différents tissus humains arborent de manière asymptomatique une diversité virale importante qui peut être assimilée à une « flore virale ». Cette nouvelle vision des virus nécessite de reconsidérer le rôle biologique des virus dans l'organisme.Virome humain -métagénomique -séquençage haut débit. SUMMARY The human viromeThe human virome is the collection of viruses found in human, including viruses that infect eucaryotic cells, bacteriophages and virus-derived genetic elements in host chromosomes that can influence hostgenes expression. Most of the recent knowledges regarding the human virome were driven by advances in high-throughput, deep sequencing approaches. Thanks to these new technologies, many new human viruses were described with, furthermore, the evidence of the presence of a resident viral community in most human tissus. This new concept will have profound implications for understanding the biological role of viruses in the human body.Human virome -metagenomichigh throughput sequencing.

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Section: Principe Et Application De La Métagénomique Viraleunclassified

Le virome humain

Foulongne

2015

Revue Francophone des Laboratoires

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“…Des stratégies, telles que le séquençage haut-débit du génome de cellules isolées par des méthodes d'immunocapture [11], ou encore les approches métagénomiques (voir glossaire) [12,24], sont envisagées. Cette dernière approche vise à séquencer tous les ADN microbiens présents afin de les identifier, voire de les caractériser.…”

Section: Du Concept à L'utilisation De Routineunclassified

Le séquençage haut-débit

et al. 2014

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“…Récemment, l'avènement des nouvelles techniques de séquençage à haut-débit [16,20] a permis de caractériser le mycobiome de la flore buccale [17] et de révéler la pré-sence de nombreuses espèces fongiques non cultivables et leurs implications potentielles dans la survenue de la maladie. La méthodologie décrite dans ces études princeps utilise une technologie intestinale par les lymphocytes Th1, et ce en réponse à l'IL-12.…”

Section: Perspectives De Recherche Et Conclusionunclassified