Investigaciones sobre toxicidad ambiental por pesticidas se han realizado principalmente en mamíferos terrestres, pero existe poca información sobre plaguicidas organoclorados en murciélagos. Teniendo en cuenta el papel funcional de este grupo en varios procesos ecosistémicos como insectívoros, frugívoros y polinizadores, su afectación puede estar causando un impacto negativo en la salud de los ecosistemas naturales. En Colombia, no hay estudios que documenten esta problemática; por tanto, el objetivo fue determinar la presencia de plaguicidas organoclorados en el ensamblaje de murciélagos del bosque húmedo tropical (bh-T) en Córdoba, Colombia. Se evaluó la presencia de organoclorados en hígado y músculo de murciélagos del sector Manso-Tigre, un área protegida con ocupación campesina. La concentración de plaguicidas organoclorados como Aldrin, Dieldrin, Endrin, Heptacloro epóxido, α-BCH, βBCH, γ-BCH, 2,4-DDD, 2,4-DDT, 4,4-DDE y 4,4-DDT, se determinó por cromatografía de gases. Niveles de organoclorados en hígado y músculo presentaron diferencias significativas (P<0,05). Se detectó mayor contenido de organoclorados en hígado en las especies Trachops cirrhosus (α–BCH, γ-BCH, Endrin, pp-DDE), Desmodus rotundus (β-BCH), Micronycteris microtis (Aldrin), Platyrrhinus helleri (Heptacloro) y Phyllostomus hastatus (pp-DDT). En tejido muscular, la concentración de organoclorados fue mayor en Trachops cirrhosus (α-BCH, γ-BCH, Endrin, pp-DDE), Artibeus planirostris (β-BCH), Micronycteris microtis (Aldrin, Heptacloro) y Phyllostomus hastatus (pp-DDT). La contaminación por organoclorados en murciélagos posiblemente está relacionada con el uso de agroquímicos, insecticidas y compuestos fosfatados para uso agrícola. Los resultados permiten reconocer a los murciélagos como bioindicadores de contaminación ambiental al indicar procesos de cambios o disturbios en los hábitats.