Métricas de análise de redes sociais e sua aplicação em redes de interação biológicas: metodologia de aplicação e estudos de caso. 

Abstract

Métricas de análise de redes sociais e sua aplicação em redes de interação biológicas: metodologia de aplicação e estudos de caso 5Dedico este trabalho aos meus pais e a um anjo amigo que me ensinaram que a essência da vida está nas coisas simples da vida: um abraço que acolhe, um sorriso que incentiva e em mãos que sustentam! 6 AGRADECIMENTOS Em primeiro lugar, agradeço a Deus pelo dom da vida e por estar sempre presente em minha vida, a cada amanhecer, dando-me força e iluminando meus passos.Ao Prof. Dr. Antonio Mauro Saraiva, meu orientador de doutorado (e um bom amigo) que, com sabedoria e paciência, compartilhou seus conhecimentos e se tornou um facilitador neste processo de pesquisa. Obrigada por me ajudar a descobrir o melhor caminho a trilhar e, também, por me fazer acreditar, a cada reunião de trabalho, que no final tudo daria certo! À Profa. Dra.Tatiana Teixeira Torres, do Departamento de Genética do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo (IB/USP), pela acolhida em seu laboratório, troca de experiências, apresentação das particularidades das Redes de Interação de micro-organismos e disponibilização de um ambiente agradável de pesquisa, em conjunto com seus orientados de graduação (Marina, Fabrício e Raquel), mestrado (Sophie) e doutorado (Nancy -co-orientação). Dentro desta equipe, um agradecimento especial à minha parceira e amiga de pesquisa, Nancy de Castro Stoppe, que muito me ensinou sobre Análises Microbiológicas e que me possibilitou abarcar neste universo de pesquisa por meio da aplicação dos recursos Aos membros da banca do exame de qualificação, Profas. Dras. Anna Helena Reali Costa e Tatiana Teixeira Torres, pelas valorosas contribuições que foram importantes para o delineamento final desta pesquisa de doutorado. Aos membros da banca examinadora da defesa, pela disponibilidade na leitura desta tese e por toda a contribuição que certamente deixarão para a continuidade da pesquisa. Aos coordenadores do Programa de Doutorado Interinstitucional daEscola Politécnica da USP com a Universidade Federal de Mato Grosso (Dinter EPUSP-UFMT), Prof. Dr. André Riyuiti Hirakawa (EPUSP) e Profa. Dra. PatriciaCristiane de Souza (UFMT), pelo empenho e dedicação na condução das atividades deste programa. Aos professores da EPUSP que se deslocaram até Cuiabá para ministrar as disciplinas do Programa, proporcionando um ambiente rico de troca de experiências e aprendizado. Eduardo Cugnasca e Pedro Luiz Pizzigatti Corrêa -pela acolhida, convivência e troca de experiências. Também gostaria de agradecer a todos os colegas do LAA/EPUSP, alunos de mestrado e/ou doutorado, que durante minha estada na USP, compartilharam comigo seu dia-a-dia, desafios e conquistas, em particular:Allan Koch, Daniel Lins, Leonardo Campos, Luiz Lamardo, Marcelo Barros, Michel Bieleveld e Wilian Costa.À equipe técnica e administrativa do LAA/EPUSP e Biocomp-USP, Edson de Souza, Lourdes Takigami e Suzano Bitencourt que, com dedicação, sempre me ajudaram a solucionar diversas situações, ao longo desta caminhada do doutorado. Um ...

Estudo de métricas de ranking na rede de citação de artigos científicos Cora

“…Diante dessa realidade, as citac ¸ões encontradas em artigos podem ser representadas por um grafo, por meio da modelagem computacional, que consiste em uma abstrac ¸ão da realidade. Para que se compreenda como os cientistas se relacionam entre si, por intermédio das Redes Complexas, torna-se possível aplicar um estudo ranqueando os artigos por métricas de ranking de vértices, existentes na literatura [Silva 2014].…”

Prospecção de marcadores para o rastreamento de fontes de contaminação fecal em águas superficiais do Estado de São Paulo

“…A identificação de subgrupos em estruturas de redes foi feita utilizando-se a métrica wclique de análises de redes sociais (ARS), a qual é capaz de identificar padrões de agrupamento na estrutura da rede e utiliza matrizes ponderadas. Nessa abordagem, os grupos estão conectados por ligações fortes, ou seja, por pesos maiores ou iguais à média dos valores da rede (ARAÚJO et al, 2008;SILVA, 2014).…”

“…Dentre estas, aquelas que usam algoritmos e métricas de análises de redes sociais tem sido muito promissoras. A métrica w-clique, que identifica padrões de agrupamento a partir de matrizes ponderadas.Os agrupamentos em uma estrutrura de rede são compostos dos nós que são conectados entre si por interações fortes e o w-clique é identificado quando essas interações são maiores que a média das interações na rede (ARAÚJO et al, 2008;SILVA, 2014) O agrupamento dos locais de amostragem de acordo com a distribuição dos grupos filogenéticos utilizando a métrica w-clique parece estar associado ao grau de poluição e poderia ser utilizada como uma ferramenta complementar na avaliação da qualidade da água. MALDI-TOF/MS utiliza ionização branda com a consequente produção de íons em macromoléculas biológicas, permitindo que estas sejam analisadas em espectrometria de massa, a partir de micro-organismos intactos.…”