Microsatellite DNA Analysis of Wild Hops, Humulus lupulus L.

Murakami, Atsushi; Darby, Peter; Javornik, Branka; Pais, M. S.; Seigner, E.; Lutz, A.; Svoboda, P.

doi:10.1007/s10722-005-7765-1

Cited by 36 publications

(32 citation statements)

References 18 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…A phylogenetic tree based on microsatellite DNA also showed the Caucasus hops to be deeply divergent from a large cluster of European hops (Murakami et al, 2006). This differentiation could have arisen if the Caucasus region was genetically isolated from other European populations, perhaps as one of the refugia located in southern Europe area during glacial periods.…”

Section: European Hopsmentioning

confidence: 97%

“…One model of founder speciation involves severe but short-term founder events that reduce microsatellite allele variation by loss of rare alleles without substantially reducing heterozygosity, the test for heterozygosity excess could detect such kind of founder events (Cournuet and Luikart, 1996). A recent microsatellite DNA study of 11 loci (Murakami et al, 2006) analysed wild hops, in almost the same samples used in this study. It found highly polymorphic microsatellites, but no significant excess heterozygosity (P40.05) in European wild hops, thus providing no evidence of recent founder events of this type.…”

Section: European Hopsmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Molecular phylogeny of wild Hops, Humulus lupulus L.

et al. 2006

View full text Add to dashboard Cite

We have analysed wild hops collected widely from the Northern Hemisphere, assessing the genetic diversity and the geographical distribution of haplotypes, to investigate the evolution and phylogeny of hops, Humulus lupulus. The haplotypes were characterized by the nuclear ribosomal DNA spacer region (length and DNA sequence) and chloroplast DNA noncoding regions (DNA sequences). The results indicated that primary divergence into European (including Caucasus and Altai hops), and Asian-North American types, was 1.0570.28 to 1.2770.30 million years ago. Although an Eastern boundary for European nuclear haplotype distribution was unclear due to the ambiguous origin of Northern Chinese samples, the European hop group showed a wide geographical distribution across Eurasia from the Altai region to Portugal. The low genetic variation in this group suggested rapid and recent expansion. The North American hop group showed high diversity, and is considered to include hops that have migrated from Asia. Japanese and Chinese hops were identified as genetically distinct. This study has shown that wild hops in each growing region are genetically differentiated with considerable genetic diversity. It gives insights into the evolution and domestication of hops that are discussed.

show abstract

Section: European Hopsmentioning

confidence: 97%

Section: European Hopsmentioning

confidence: 99%

Molecular phylogeny of wild Hops, Humulus lupulus L.

et al. 2006

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Standardně se však využívají přímo v reakcích jednoduchých sekvenčních repetic (SSR). Proto byly a jsou SSR markery nejpoužívanější pro genotypování a studium molekulární variability u chmele (Jakše et al, 2001;2002;Čerenak et al, 2004;Hadonou et al, 2004;Murakami et al, 2006a;Bassil et al, 2008;Štajner et al, 2005;Peredo et al, 2010;Patzak et al, 2010a;Horreo et al, 2014;Karlsson Strese et al, 2014;Mongelli et al, 2015;Korbecka-Glinka et al, 2016). Většina SSR markerů se nachází v nekódujících oblastech genomu.…”

Section: ■ 3 Genetické Metodyunclassified

Methods for verifying the authenticity of hops - an effective tool against falsification

Olšovská¹,

Krofta²,

Jandovská³

et al. 2016

Kvasny Prum

View full text Add to dashboard Cite

■ 1 ÚVODAutenticita potravin je termín, který jednoduše označuje, zda potraviny nakupované spotřebitelem odpovídají jejich popisu, a je aktuálním tématem v nejrůznějších potravinářských komoditách. Proto je v současné době věnováno mnoho pozornosti a jsou vynakládány nemalé fi nanční prostředky na vývoj analytických metod pro ověřo-vání autenticity potravin, nápojů a jejich surovin.Také chmel je komodita, ve které dochází k falzifi kaci původu a odrůd, což může ve velké míře ovlivnit senzorický profi l piva z něho vyrobeného. Žatecký poloraný červeňák (ŽPČ) je na trhu všeobec-ně považován za světový standard kvality v kategorii aromatických chmelů. Prvotřídní kvalitě odpovídá i vyšší cena. V uplynulých letech bylo zaznamenáno několik opakovaných případů jeho falzifi kace. Falzifi kace Žateckého poloraného červeňáku ve formě granulí byla Recenzovaný článek / Reviewed Paper Olšovská, J., Krofta, K., Jandovská, V., Patzak, J., Štěrba, K., 2016: Metody pro ověřování autenticity chmele -účinný nástroj proti falzifi kaci. Kvasny Prum. 62, č. 10, s. 294-305 K pokusům o falzifi kaci dochází téměř u všech komodit a výjimkou není ani chmel. Je proto nezbytné hledat způsoby, jak ověřovat jeho autenticitu. Přehledový článek shrnuje moderní metody pro ověřování autenticity chmele a uvádí rovněž nejnovější výsledky spolupráce Výzkumného ústavu pivovarského a sladařského, a.s. a Chmelařského institutu, s.r.o., v Žatci. K ověřování autenticity chmele se používají metody chemotaxonomické a genetické. V roce 2015 byly provedeny chemické analýzy novošlechtěných hybridů pro České pivo (obsah a složení alfa a beta kyselin, obsah a složení chmelových silic, obsah celkových polyfenolů) a byly provedeny molekulárně-genetické analýzy 150 vybraných genotypů chmele ze světového sortimentu a šlechtitelského materiálu. Pomocí výsledků byl z testovaných genotypů sestaven přehledný dendrogram. Autoři se dále zabývali profi lováním českých odrůd chmele na základě chemických profi lů proanthokyanidinů a podařilo se jim pomocí klastrové analýzy jasně odlišit odrůdy chmele včetně jejich genetické příbuznosti.Olšovská, J., Krofta, K., Jandovská, V., Patzak, J., Štěrba, K., 2016: Methods for verifying the authenticity of hops -an effective tool against falsifi cation. Kvasny Prum. 62, No. 10, pp. 294-305Falsifi cation attempts occur in almost all commodities and hops is no exception. It is therefore necessary to look for ways to verify its authenticity. This review summarizes modern methods for verifying the authenticity of hops and also provides the latest results of the collaboration of the Research Institute of Brewing and Malting, PLC. and the Hop Research Institute, Ltd., in Žatec. Chemotaxonomic and genetic methods are used to verify the authenticity of hops. Chemical analyzes of newly bred hybrids potentially suitable for Czech beer focused on the content and composition of alpha and beta acids, content and composition of hop oils, and content of total polyphenols were performed and molecular genetic analyses of 150 selected hop genotypes in...

show abstract

“…The SSR method has been the most reliable for molecular genetic analysis of variability and evaluation of biodiversity in different plant species (Akkak et al 2009, Akritidis et al 2009, Hu et al 2009, Ma et al 2010. Therefore, microsatellite SSR markers have also been the most used for studies of molecular variability of hops (Jakše et al 2001, Čerenak et al 2004, Murakami et al 2006, Bassil et al 2008, Štajner et al 2008. The most of SSR markers occurs in noncoding regions of genome (Akkak et al 2009).…”

Section: ⎯⎯⎯⎯mentioning

confidence: 99%

“…A genetic diversity is depend on range of hop collection, as it has been previously measured in various sets of accessions in cultivated hops (Jakše et al 2001, Patzak et al 2002, 2007, Čerenak et al 2004, wild hops (Murakami et al 2006, Patzak et al 2010a or a combination of wild and cultivated hops , Bassil et al 2008, Štajner et al 2008. All these studies separated hop cultivars into European and North American hop groups, with further divisions into smaller subgroups reflecting the breeding history of particular regions or breeding centres.…”

Section: Cultivated Hops With North American Origin Brewersmentioning

confidence: 99%

Development and evaluation of expressed sequence tag-derived microsatellite markers for hop genotyping

Patzak¹,

Matoušek

2011

Biologia plant.

View full text Add to dashboard Cite

The use of expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers might reflect the better relationship among species or cultivars than markers previously used. The first set of 30 EST-SSR was developed in hop (Humulus lupulus L.). They represent 25 gene loci with total of 1268 EST sequences. They were used for characterization of 11 hop samples and cross-amplification in Humulus japonicus Sieb. et Zucc. The number of alleles per locus ranged from two to nine. The observed and expected heterozygosities ranged from 0.182 to 0.956 and from 0.233 to 0.775, respectively. We used EST-SSR markers for cluster analysis of hop genotypes. Dendrogram well matched with genealogical and geographical data for hop genotypes.

show abstract

Microsatellite DNA Analysis of Wild Hops, Humulus lupulus L.

Cited by 36 publications

References 18 publications

Molecular phylogeny of wild Hops, Humulus lupulus L.

Molecular phylogeny of wild Hops, Humulus lupulus L.

Methods for verifying the authenticity of hops - an effective tool against falsification

Development and evaluation of expressed sequence tag-derived microsatellite markers for hop genotyping

Contact Info

Product

Resources

About