Microsatellite markers for the endangered orchids Cattleya labiata Lindl. and C. warneri T. Moore (Orchidaceae)

Almeida, Paulo Ricardo Machado de; López-Roberts, M. Cristina; Vigna, B. B. Z.; Souza, Anete Pereira de; Góes-Neto, Aristóteles; Berg, Cássio van den

doi:10.1007/s12686-013-9909-5

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“…Os resultados apresentados neste trabalho demonstram que a taxa de transferabilidade entre as espécies de Cattleya testadas foi de quase 60%, o que pode ser considerado um valor elevado, porém esperado por se tratarem de espécies filogeneticamente próximas. Segundo Barbará et al (2007), as taxas de transferabilidade entre as monocotiledôneas é cerca de 40%, indicando que no presente trabalho a taxa de sucesso foi bem superior. Segundo Kalia et al, (2011), quanto mais próximas filogeneticamente são as espécies existe uma maior chance de transferabilidade, pela existência de regiões do genoma onde podem estar conservados os primers flanqueadores dos SSR.…”

Section: Resultsunclassified

“…Segundo Kalia et al, (2011), quanto mais próximas filogeneticamente são as espécies existe uma maior chance de transferabilidade, pela existência de regiões do genoma onde podem estar conservados os primers flanqueadores dos SSR. Barbará et al(2007), em seu trabalho de revisão de literatura sobre marcadores de microssatélites também ressaltou que quanto maior o parentesco entre as espécies maiores são as chances de haver transferabilidade e conservação de sequências dos primers. No trabalho de Almeida et al (2013), com espécies Cattleya labiata e C. warneri T. Moore ele concluiu que estes marcadores tem um grande potencial para estudos de diversidade genética para espécies deste gênero No presente trabalho, existe um grande potencial de transferabilidade destes locos já que obtivemos amplificação satisfatória para um grande número de locos, mesmo que 50% deles apenas venha a apresentar polimorfismo, ainda teria grande valor para estudos de genética de populações para está espécie estudada.. Já no trabalho de Novello et al (2013), os marcadores desenvolvidos para C. coccinea foram testados em outras espécies de orquídeas utilizando três espécies de Cattleya e Gomesa longipes, Prosthechea vespa , Brasiliorchis gracilis e Epidendrum secundum.…”

Section: Resultsunclassified

“…anteriormente desenvolvidos para Cattleya labiata Lindl. e C. Warneri T.Moore (Almeida et al, 2013), e outros da literatura para C. coccinea (Novello et al, 2013) totalizando 32 primers testados. A amplificação dos fragmentos de DNA foi feita utilizando termociclador Swift MaxPro Thermal Cycler®, fazendo diferentes testes de temperaturas de anelamento dos primers.…”

Section: Methodsunclassified

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TRANSFERABILIDADE DE MARCADORES MICROSSATELITES PARA Cattleya pfisteri (Orchidaceae)

Lima¹

2021

SEMIC

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No Brasil existem em torno de 2500 espécies de Orchidaceae (Pabst & Dungs 1975, 1977), sendo que no estado da Bahia são citadas 533 espécies (Flora do Brasil, 2020). Dentre estas espécies o gênero Cattleya contém espécies encontradas majoritariamente no Brasil. Cattleya pfisteri (Pabst & Senghas) Van den Berg está incluída na série Parviflorae, tendo sido descrita pela primeira vez por Pabst em 1975, sendo endêmica da Chapada Diamantina – BA, Brasil.

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Section: Resultsunclassified

Section: Methodsunclassified

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TRANSFERABILIDADE DE MARCADORES MICROSSATELITES PARA Cattleya pfisteri (Orchidaceae)

Lima¹

2021

SEMIC

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“…LMOR Antiqueira et al (Almeida et al 2013, Novello et al 2013, Tambarussi et al 2016, among others. However, there are no previous reports of genetic studies for T. pumilum and no information on the level of genetic diversity of its populations.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Development and characterization of microsatellite loci for the Neotropical orchid Trichocentrum pumilum

Antiqueira

Dequigiovanni

Tambarussi³

et al. 2016

Crop Breed. Appl. Biotechnol.

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“…Biotechnological techniques, such as the in vitro procedure (Faria et al, 2002), differentiation of natural populations, species delimitations in rare plants (Qian et al, 2013), and phylogeographical studies (Monteiro, Selbach-Schnadelbach, Oliveira, & van den Berg, 2010), have extensively contributed for understanding and saving orchid species. Molecular markers have been used for genetic analysis of the genus Calanthe (Qian et al, 2013), Cattleya (Almeida et al, 2013;Rodrigues et al, 2015), and many others.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

DNA barcode regions for differentiating Cattleya walkeriana and C. loddigesii

Rivera-Jiménez

Rossini

Tambarussi

et al. 2017

Acta Sci. Biol. Sci.

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ABSTRACT. Growers appreciate Cattleya walkeriana and C. loddigesii due to striking shape and rarity. Thus, this study aimed to evaluate the feasibility of DNA barcode regions, namely ITS1, ITS2 and rpoC1, to discriminate between C. walkeriana and C. loddigesii species. DNA barcode regions were successfully amplified using primers designed to amplify plants. We also included sequences from public databases in order to test if these regions were able to discriminate C. walkeriana and C. loddigesii from other Cattleya species. These regions, and their combinations, demonstrated that the ITS1+ITS2 had the highest average interspecific distance (11.1%), followed by rpoC1 (1.06%). For species discrimination, ITS1+ITS2 provided the best results. The combined data set of ITS1+ITS2+rpoC1 also discriminated both species, but did not result in higher rates of discrimination. These results indicate that ITS region is the best option for molecular identification of these two species and from some other species of this genus.Keywords: orchid improvement, genetic variation, species separation.Regiões de DNA barcode para diferenciar Cattleya walkeriana e C. loddigesii RESUMO. As espécies Cattleya walkeriana e C. loddigesii são apreciadas pelos colecionadores devido às suas impressionantes forma e raridade. Este estudo teve como objetivo avaliar a viabilidade das regiões DNA barcode, ou seja, ITS1, ITS2 e rpoC1, para discriminar as espécies C. walkeriana e C. loddigesii. Regiões DNA barcode foram amplificadas com êxito utilizando os iniciadores desenhados para plantas. Nós também incluímos sequências de bases públicas de dados, a fim de testar se estas regiões foram capazes de discriminar C. walkeriana e C. loddigesii de outras espécies de Cattleya. Estas regiões e suas combinações demonstraram que o ITS1 + ITS2 teve a maior distância média interespecífica (11,1%), seguido por rpoC1 (1,06%). Para a discriminação das espécies, ITS1 + ITS2 proporcionaram os melhores resultados. Os dados combinados dos ITS1 + ITS2 + rpoC1 também discriminaram ambas as espécies, mas não resultaram em maiores taxas de discriminação. Estes resultados indicam que a região ITS é a melhor opção para a identificação molecular destas duas espécies e a partir de algumas outras espécies deste gênero.Palavras-chave: melhoramento de orquídeas, variação genética, separação de espécies.

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Development and characterization of microsatellite loci for the Neotropical orchid Trichocentrum pumilum

<b>DNA barcode regions for differentiating <i>Cattleya walkeriana</i> and <i>C. loddigesii</i>

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