Microsatellites in Cassava (Manihot esculenta Crantz): discovery, inheritance and variability

Chavarriaga-Aguirre, Paul; Maya, María M.; Bonierbale, Merideth; Kresovich, S.; Fregene, Martin A.; Tohmé, Joe; Kochert, Gary

doi:10.1007/s001220050922

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“…Rocha et al (2008) have rectified this by a detailed examination of genetic diversity in Costa Rica using microsatellite loci. Their results demonstrated high levels of variation within and between populations, which corresponds with the results of other researchers using the same techniques for samples from South America (Chavarriaga et al 1998;Elias et al 2004) and is consistent with the large number of varieties per location and out-crossing between varieties. The high level of variation was in contrast to commercial varieties.…”

Section: The Internationalization Of Cassava Production and Contributsupporting

confidence: 89%

The genetic diversity and cultural importance of cassava and its contribution to tropical forest sustainability

Gillman

Erenler

2009

Journal of Integrative Environmental Sciences

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Cassava has been cultivated in Central and South America for about 8000 years. Following export to Africa and Asia in the 16th-19th centuries it is now established as a vital component of the diet of many of the world's poorest people. Growth and processing of the plant in Central and South America represents one of the few remaining expressions of indigenous knowledge. This article highlights the importance of traditional methods of cultivation and processing in contributing to a large number of varieties and maintenance of high genetic diversity. Increasingly, such diversity is being supplemented by international breeding programs with the possibility of genetically modified crops to combat plant diseases and natural enemies such as cassava mosaic virus. The article examines the issues surrounding the patenting of traditional knowledge of cassava. It concludes by exploring cassava cultivation as a contribution to the sustainable utilization of species-rich tropical forests. This combines the maintenance of high genetic diversity of the crop with traditional practices of indigenous people, thereby satisfying the requirements of article 8(j) of the United Nations Convention on Biological Diversity.

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Section: The Internationalization Of Cassava Production and Contributsupporting

confidence: 89%

The genetic diversity and cultural importance of cassava and its contribution to tropical forest sustainability

Gillman

Erenler

2009

Journal of Integrative Environmental Sciences

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Section: Marcadores Moleculares Microssatélitesunclassified

“…Na literatura atualmente existem 186 locos ncSSR descritos para mandioca (CHAVARRIAGA-AGUIRRE et al, 1998;MBA et al, 2001). Apesar do genoma completo do cloroplasto de mandioca ter sido descrito recentemente (DANIELL et al, 2008), ainda não foram desenvolvidos marcadores cpSSR para a espécie.…”

Section: Marcadores Moleculares Microssatélitesunclassified

“…Desta forma, espera-se que os marcadores cpSSR sejam mais efetivos na detecção da estruturação e subdivisão populacional do que os ncSSR (PETIT et al, 2005;SCHAAL et al, 1998). A variação revelada por cpSSR é também especificamente importante para estudos de filogeografia, além de complementar as informações que podem ser obtidas com marcadores ncSSR.Na literatura atualmente existem 186 locos ncSSR descritos para mandioca (CHAVARRIAGA-AGUIRRE et al, 1998;MBA et al, 2001). Apesar do genoma completo do cloroplasto de mandioca ter sido descrito recentemente (DANIELL et al, 2008), ainda não foram desenvolvidos marcadores cpSSR para a espécie.…”

unclassified

“…Apesar do genoma completo do cloroplasto de mandioca ter sido descrito recentemente (DANIELL et al, 2008), ainda não foram desenvolvidos marcadores cpSSR para a espécie. Os marcadores ncSSR vêm sendo utilizados com diversos objetivos, como para quantificar a diversidade genética presente nas amostras de bancos de germoplasma e coleções nucleares (CHAVARRIAGA-AGUIRRE et al, 1998, 1999ELIAS et al, 2004;FREGENE et al, 2003; SIQUEIRA et al, 2009 -PEREIRA et al, 2011;DUPUTIÉ et al, 2009;McKEY, 2005;ROCHA et al, 2008;SARDOS et al, 2008).Alguns estudos abordaram a questão da organização da diversidade genética de mandioca ao longo do espaço empregando marcadores microssatélites (ELIAS et al, 2004;ANDO, 2000; SIQUEIRA et al, 2009). Entretanto, estes estudos foram realizados com amostragens de regiões disjuntas provenientes de bancos de germoplasma, e não foram direcionados para a região amazônica.…”

unclassified

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Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz): implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia amazônica brasileira

Alves‐Pereira¹

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esculenta Crantz): implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia amazônica brasileira Alessandro Alves PereiraTese apresentada para obtenção do título de Doutor em Ciências. Área de concentração: Genética e Melhoramento de Plantas Piracicaba 2015Alessandro Alves Pereira Biólogo Bacharel em Genética e Biotecnologia Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz):implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia amazônica brasileira Piracicaba 2015 Dados Internacionais de Catalogação na Publicação DIVISÃO DE BIBLIOTECA -DIBD/ESALQ/USPPereira, Alessandro Alves Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz): implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia amazônica brasileira / Alessandro Alves Pereira. --versão revisada de acordo com a resolução CoPGr 6018 de 2011. --Piracicaba, 2015 138 p. : il.Tese (Doutorado) --Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz". A mandioca foi domesticada no sudoeste da bacia amazônica, e presentemente é o cultivo alimentício amazônico mais importante no mundo. Após a domesticação inicial pressões seletivas divergentes deram origem aos grupos de variedades de mandiocas mansas e bravas. A distribuição atual destes grupos é um tanto diferente ao longo da Amazônia, o que pode ser reflexo de padrões de dispersão distintos de variedades mansas e bravas ao longo da história da domesticação do cultivo. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade e estrutura genética, genômica e a filogeografia de mandiocas cultivadas por agricultores tradicionais ao longo dos principais rios da bacia amazônica brasileira. Análises filogenéticas de linhagens matrilineares foi realizada com base no polimorfismo de quatro marcadores microssatélites cloroplastidiais (cpSSR). A diversidade e estrutura genética foram avaliadas com 14 marcadores microssatélites nucleares (ncSSR), enquanto que a abordagem genômica foi realizada com base em 5.871 polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs). Foi observada considerável diferenciação [FST = 0,78 (cpSSR), 0,28 (ncSSR), e 0,37 (SNPs)] entre as variedades cultivadas e Manihot esculenta ssp. flabellifolia, o parente silvestre da mandioca. Não foram detectadas associações de haplótipos cpSSR com os grupos de variedades mansas e bravas ou com os rios. Apesar da ausência de padrões filogeográficos, as análises de agrupamento e estrutura genética com base nos três tipos de marcadores avaliados sugeriram que as variedades mansas e bravas são igualmente relacionadas à população silvestre. O segundo padrão mais importante de estruturação genética foi observado entre variedades mansas e bravas [FST = 0,08 (ncSSR) e 0,10 (SNPs)], no entanto houve um considerável grau de mistura entre variedades de ambos os grupos. Estes resultados, juntamente com a elevada variação genética observada dentro de variedades mansas e bravas são resultantes do manejo realizado por agricultores tradic...

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Cassava Genetic Improvement

Ceballos¹,

Fregene²,

Carlos³

et al. 2007

Breeding Major Food Staples

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PREFACEThis Handbook is the result of a combined effort by several current and previous cassava researchers at CIAT to review and summarize the most important results of cassava research during the past 40 years. Most of the chapters are based on the various presentations during the Regional Cassava Training Course, held in Thailand from October 6 to 17, 2008. This course was organized upon the realization that many people that were actively involved with cassava research in the 1970s and 80s, both at CIAT and in national programs, have now retired or will soon do so, and that a whole new generation of cassava researchers are currently being hired to take their place.As cassava is now becoming a very important, and mostly industrial, crop in Asia, there are many new opportunities, but also a host of new problems and challenges. These include the appearance in Asia of new cassava diseases and pests; the decreasing availability and increasing cost of rural labor, resulting in the need for partial or complete mechanization of cassava production; the rapidly increasing demand for cassava roots for production of food, feed and fuel, and the unavailability in many countries of new land for any expansion of cassava area, thus requiring a rapid increase in cassava yields to increase supplies. This requires a renewed focus on cassava research for the development of new higher-yielding varieties and more sustainable production practices.While many cassava researchers in national programs in Asia received individual or group training at CIAT-Colombia during the 1970s and 80s, this training was greatly reduced during the following two decades due to funding limitations. Thus, the objective of the Regional Cassava Training Course in 2008 was to provide a new training opportunity for young scientists in Asian countries, and to hand over the knowledge and experience of the older cassava researchers, mostly from CIAT, to a new generation that will have to face the new challenges. Thus, the course was taught mostly by current or already retired CIAT cassava researchers, while the 60-plus participants of the course included cassava researchers from Cambodia, China, East Timor, India, Indonesia, Lao PDR, Malaysia, Myanmar, the Philippines, Thailand and Vietnam. The training course not only provided knowledge -from physiology and biotechnology to animal feeding and production of fuelethanol -but also an opportunity for people from different institutions and countries to get to know each other, which will greatly facilitate future collaboration.Course participants returned home with a CD containing the PowerPoint presentations of the course. However, it was felt that a more comprehensive review of all the topics covered was warranted, as this would provide more in-depth knowledge for those working in the various specialized fields. Most of this information is available in many refereed journals, in workshop proceedings and old CIAT annual reports, but many of these are now out of print or otherwise difficult to obtain. Thus, the Cas...

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Microsatellites in Cassava (Manihot esculenta Crantz): discovery, inheritance and variability

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The genetic diversity and cultural importance of cassava and its contribution to tropical forest sustainability

The genetic diversity and cultural importance of cassava and its contribution to tropical forest sustainability

Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz): implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia amazônica brasileira

Cassava Genetic Improvement

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