The Central Kenya Rift contains small soda lakes such as Nakuru, Elmenteita and Bogoria, freshwater Lake Naivasha, and the partly (spatially) freshwater Lake Baringo. The hydrology of this area is controlled mainly by climate, tectonically controlled morphological and volcanic barriers, faults, and local water-table variations. Much of the area relies on groundwater for human and industrial use, though there are widespread quality issues particularly in relation to fluoride. Despite the huge demand for the resource, little is known about the highly complex groundwater systems; lacking monitoring data, an assessment is developed on the basis of regional geological, hydrogeological and hydrochemical analyses. Significant hydrological changes have taken place in the region over the last 10 000 years as a result of global, regional and local changes, but the impacts on groundwater resources are still largely unknown. The IPCC projects a 10-15% increase of rainfall in the area, but it may not necessarily result in a proportional increase in groundwater recharge. High groundwater recharge periods appear to be anchored on a decadal cycle.Key words Holocene; hydrology; groundwater; climate change; Central Kenya Rift; lake basins Paléohydrologie Holocène, eaux souterraines et changement climatique dans les bassins lacustres du Rift du Centre du Kenya Résumé Le Rift du Centre du Kenya contient de petits lacs salés tels que les lacs Nakuru, Elmenteita et Bogoria, le Lac Naivasha d'eau douce, et le Lac Baringo partiellement (spatialement) d'eau douce. L'hydrologie de cette zone est principalement contrôlée par le climat, des barrières volcaniques et morphologiques sous contraintes tectoniques, des failles, et des variations piézométriques locales. La plupart de la région compte sur les eaux souterraines pour satisfaire les besoins domestiques et industriels, bien que les problèmes de qualité soient largement présents en particulier en termes de fluorures. En dépit des besoins immenses vis-à-vis de la ressource, la connaissance des systèmes hydrogéologiques hautement complexes est faible. Manquant de données de suivi, une évaluation est développée sur la base d'analyses régionales géologiques, hydrogéologiques et hydrochimiques. Des changements hydrologiques significatifs ont eu lieu dans la région au cours des 10 000 dernières années suite à des changements globaux, régionaux et locaux, mais les impacts sur les ressources en eaux souterraines sont largement inconnus. Le GIEC prévoit une augmentation de 10-15% de la pluviosité dans la région, mais qui ne résultera pas nécessairement en une augmentation proportionnelle de la recharge de nappe. Des périodes de forte recharge en eaux souterraines apparaissent être inscrites dans un cycle décennal.