La camaronicultura es una actividad en constante crecimiento, lo que ha llevado al deterioro de los ecosistemas por la deposición de efluentes que impactan al medio ambiente, generando no solo daños a los ecosistemas sino también a la misma calidad del agua que ingresa al cultivo. Esta investigación busca evaluar la eficiencia de consorcios microbianos autóctonos (in vitro) en la biorremediación del efluente de una finca camaronera ubicada en el sector Cabello Manabí, Ecuador. Para ello, se analizaron los parámetros: fosfatos, amonio, nitritos, nitratos, sólidos en suspensión, oxígeno disuelto, temperatura, pH, DBO5 y coliformes totales. Se utilizó un diseño completamente aleatorio con un factor y 4 niveles y se realizaron 4 tratamientos: consorcio bacteriano (T1) incluyendo la levadura Saccharomyces cerevisiae, consorcio de microalgas (T2), consorcio de hongos (T3) conformado por Trichoderma harzianum, S. cerevisiae, Lactobacillus acidophilus, Bacillus subtilis, Lactobacillus plantarum, y como (T4) un consorcio combinado de los tres tratamientos anteriores. Se observó una diferencia estadísticamente significativa en T2 con respecto a los demás tratamientos, pues debido a sus actividades metabólicas se logró la biorremediación de elementos como fosfatos, compuestos nitrogenados y coliformes totales, mientras que en los demás parámetros no se logró una mejora significativa. El proceso llevado a cabo por las microalgas permitió ajustar los parámetros analizados a criterios de calidad del agua para ser reutilizados en actividades agrícolas y ganaderas e incluso vertidos en cuerpos de agua dulce, concluyendo que la aplicación de microalgas autóctonas de la zona es útil para la biorremediación de los efluentes camaroneros de la localidad.