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AgradecimientosLa tesis doctoral es un viaje emocionante, exigente y no exento de riesgos. Por suerte, resulta mucho mejor, más sencillo y más divertido, cuando uno tiene una lista de agradecimientos tan extensa como la mía.Estoy en deuda con mi director, Jesús Picó, por darme la oportunidad de trabajar en lo que me gusta, por descubrirme un tema fascinante y por dirigirme sabiamente en el desarrollo de esta tesis. También con mis supervisores durante mis estancias en el extranjero, Georges Bastin y Vassily Hatzimanikatis, porque me permitieron aprender de su trabajo, conocer sus instituciones y explorar dos países.Le agradezco a Antonio Sala que se acercase un buen día con una propuesta para colaborar (haciendo así fructíferas las reuniones en la biblioteca); y a Marta Tortajada que fuese mi coautora en varias ocasiones y que sea una de las personas cuyas ideas más me han ayudado. He aprendido mil cosas de otras personas -profesores, compañeros, colegas, revisores, etc.-y a todos les estoy agradecido.A los compañeros que encontré camino al doctorado les agradezco, sobretodo, que hicieran mi trabajo divertido. Agradezco cada café y cada conversación. Mención especial merecen mis principales compañeros de viaje, Pepe y Sergio, por su camaradería en el trabajo y en la vida.Es probable que sin el apoyo de otras personas no hubiese terminado esta tesis... y es seguro que de haberlo hecho sería irrelevante. A mi familia -Juan, María, Juan-les agradezco que sean mi refugio, porque la existencia de ese «lugar» me permite el lujo de ser temerario. A mis amigos en la vecindad les agradezco su interés por las victorias de cada día; y tanto a ellos como al resto, les doy las gracias por creer incondicionalmente que lo que hacía, fuese lo que fuese, era digno de admirar. Mi deuda es especial con Lucia porque ella fue la recompensa en los días de trabajo y sacrificio.Por último, y por encima de todo, quiero agradecer a mis padres todo lo que hicieron y el modo preciso en que lo hicieron. Sé que eso excede el ámbito de esta tesis, pero este párrafo es un buen lugar para mostrarles mi gratitud.
Gracias.
AbstractThis thesis is devoted to the study and application of constraint-based metabolic models. The objective was to find simple ways to handle the difficulties that arise in practice due to uncertainty (knowledge is incomplete, there is a lack of measurable variables, and those available are imprecise). With this purpose, tools have been developed to model, analyse, estimate and predict the metabolic behaviour of cells.The document is structured in three parts. First, related literature is revised and summarised. This results in a unified perspective of several methodologies that use constraint-based representations of the cell metabolism. Three outstanding methods are discussed i...