Modelagem Molecular Aplicada a Nanobiossistemas

Estudo teórico da seletividade e do solvente em um nanobiossensor de herbicidas inibidores da acetil-coenzima a carboxilase

“…O campo de força define então os potenciais ligados: potencial harmônico de ligação ou linear, potencial harmônico angular, e potencial torcional ou diedral; e os potencias nãoligados ou intermoleculares: potencial de van der Waals ou de Lenard-Jones e potencial de Coulomb. Tem-se, assim, uma equação para avaliar o valor da energia potencial total (AMARANTE et al, 2013).…”

“…V d é o potencial de ligação que há entre dois átomos, neste potencial a ligação covalente é modelada como um oscilador harmônico clássico. A equação (6) descreve a energia resultante do estiramento da ligação em relação ao seu comprimento de equilíbrio, d 0 (AMARANTE et al, 2013).…”

“…Onde d é o comprimento de ligação entre dois átomos i e j, d 0 o comprimento de equilíbrio e k d a constante de força elástica. Na equação (7) está descrito o potencial harmônico angular que descreve a energia em relação aos desvios feitos a partir do ângulo de referência formado entre três átomos, θ é o ângulo formado entre os três átomos ligados, θ 0 é o ângulo de equilíbrio e k θ é a força para a torção do ângulo de ligação (AMARANTE et al, 2013). As constantes k d e k θ são determinadas pelos tipos de átomos que fazem a ligação covalente e que formam os ângulos, elas informam a quantidade de energia necessária por unidade de comprimento para que haja determinado estiramento ou determinada torção de um ângulo (MAGALHÃES, 2006).…”

“…Existem barreiras de energias que precisam ser superadas para que haja torções específicas nesses ângulos diedros. Na equação 8, que descreve o potencial torcional, k φ é a altura da barreira energética para determinada torção, φ é o ângulo diedro da ligação do centro em relação as quatro átomos, δ é a diferença de fase desse ângulo que pode assumir os ângulos 0º e 180º e n é o número de mínimos na curva de energia potencial pelo ângulo de torção (AMARANTE et al, 2013). A Figura 16 ilustra os três tipos de interações ligadas.…”

“…Na equação 12, a força é igual ao negativo do gradiente da energia potencial em relação à posição r i de cada átomo, de acordo com a equação de Newton. A dinâmica molecular fundamenta-se também no princípio da Hipótese Ergódiga de Boltzmann, esta diz que o valor médio de uma simulação feita em um sistema com poucas partículas, mas por um intervalo de tempo maior, reproduz as mesmas propriedades de um sistema com muitas partículas simulado por um tempo menor, esta hipótese é importante para poder reproduzir fenômenos que ocorrem em escala macroscópica (AMARANTE et al, 2013).…”