Modulation of Compactness and Long‐Range Interactions of Unfolded Lysozyme by Single Point Mutations

Characterisation of Disulfide‐Bond Dynamics in Non‐Native States of Lysozyme and Its Disulfide Deletion Mutants by NMR

“…Modelling of R 2 relaxation rates R 2 rates of non-native states of proteins, in particular hen-egg white lysozyme, [10,34,35] have been modelled quite successfully in the past by using a simple model that assumes that an unfolded protein behaves like an unbranched polymer in solution. Primary factors that are responsible for an increase in the R 2 rates-above an intrinsic R 2 rate that is determined by the temperature and viscosity of the solution-are the length of the polymer chain (i.e.…”

“…Mutant W62G, has been shown to approximate a "true" random-coil polypeptide chain in terms of its overall diffusive properties [35] when in the S-methylated state (0SS-W62G). In this mutant, all nonlocal interactions between locally defined clusters are significantly reduced.…”

“…Using 15 N transverse heteronuclear-relaxation rates (R 2 ), we have investigated the backbone dynamics of two lysozyme mutants in which either the disulfide bonds in the a-or bdomain have been removed. Previous dynamical studies of lysozyme [10,34,35] that was either denatured in urea (8 m) or dissolved in water at pH 2, have indicated the presence of hydrophobic clusters that are mostly centred around the tryptophan residues, and of ms-ms exchange processes that are centred around the disulfide bridges. This study builds on the previous report by Noda et al who studied the doubly disulfide-bridged variant of lysozyme, 2SS a , which has intact disulfide bridges in the a-domain only.…”

Wechselwirkungen der hydrophoben Cluster im entfalteten Membranprotein OmpX in Harnstofflösung

“…[1,12] Die Charakterisierung der Wechselwirkungen der nichtzufälligen lokalen Strukturen in OmpX und in 434-Repressor(1-63) basiert auf der Beobachtung, dass die Cluster im Ensemble der Proteinmoleküle nur zu etwa 20-30 % besetzt sind und dass sie auf der NMR-Zeitskala in schnellem konformativem Austausch [13] mit dem Random-Coil-Zustand stehen. [1,11] gestreckten Polypeptiden bewirkt werden, sich nur auf zwei benachbarte Aminosäurereste in jede Richtung erstrecken, [9,[15][16][17] Zuschriften 994 www.angewandte.de senheit der Micellen [11] große Unterschiede sowohl für die Rückgratkonformation als auch für die Ausrichtung der hydrophoben Seitenketten, die in der Abwesenheit von DHPCMicellen einen hydrophoben Kern im Innern jedes Clusters bilden.…”

“…Nichtnative langreichweitige Wechselwirkungen sind für die hydrophoben Cluster im denaturierten löslichen Protein Lysozym vorgeschlagen worden. [9,15] Für die Berechnung der dreidimensionalen Strukturen wurden obere Distanzschranken von 5.5 für alle beobachteten mittel-und langreichweitigen NOEs gesetzt. [1,13] Strukturrechnungen wurden unabhängig für die zwei Polypeptidsegmente 73-82 und 137-145 mit dem Programm DYANA durchgeführt.…”