Molecular analysis of hemaglutinin gene of Avian Influenza viruses isolated in 2012-2013

Abstract

Virus Avian Influenza (AI) masih menjadi penyebab utama kasus kematian unggas di Indonesia dan di seluruh dunia. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan patogenitas serta melakukan analisis filogenetik dan jarak kekerabatan gen hemaglutinin virus-virus AI yang diisolasi di Indonesia pada tahun 2012-2013 di Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Medan. Sampel diperoleh dari peternakan ayam yang mengalami wabah AI dan diinokulasi serta dipropagasi dalam Telur Ayam Berembrio (TAB) Specific Pathogen Free (SPF). Cairan alantois yang dipanen 5 hari setelah inokulasi diuji terhadap aktivitas hemaglutinasi. Cairan alantois dengan hemaglutinasi positif diuji lebih lanjut untuk menentukan subtipe hemaglutinin dan neuraminidase dengan real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RRT-PCR) dan dilakukan persiapan untuk sekuensing menggunakan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Sekuen gen hemaglutinin dianalisis terhadap susunan asam amino di daerah cleavage site dan jarak genetik serta hubungan kekerabatan antar virus. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa semua isolat virus tergolong ke dalam HPAI dengan pola asam amino daerah cleavage site QRESRRKKR dan QRERRRKR. Enam isolat termasuk subtipe H5N1 sedangkan 3 isolat lainnya merupakan H5Nx. Semua isolat memiliki hubungan genetik yang dekat dengan jarak genetik kurang dari 0.3 antara virus yang satu dengan yang lainnya dan juga terhadap beberapa isolat virus AI yang menyebabkan wabah-wabah sebelumnya di Indonesia.