The formation and maintenance of plant stem cell populations are controlled by the WOX family of homeobox-containing transcription factors. The evolution of WOX genes is considered to be one of the main reasons for flower morphology and plant architecture diversity. The stem cell regulation mechanism is considered to be conserved among flowering plants and most thoroughly studied in Arabidopsis thaliana as a model. The angiosperms morphological diversity implies that there are species-specific features inherent to this mechanism, while the basic signaling is maintained. The unique flowering achlorophyllous mycoheterotrophic plant Monotropa hypopitys obtains nutrients from the tree roots through the mycorrhizal symbiosis. In inductive conditions, the reproductive stem with bracts and an inflorescence at the top is developed from an adventitious root bud. Like other plants, M. hypopitys forms the inflorescence, flower and root meristems, presumably using conserved mechanisms regulating stem cell niche. The study of M. hypopitys homeobox genes should contribute to the knowledge about the function of WOX transcription factors and further understanding of the stem cells control mechanisms in mycoheterotrophic species. The aim of the present study was to analyze M. hypopitys root, bracts and flower transcriptomes obtained from two individual flowering plants. In total, five WOX genes have been identified and characterized by their structure, phylogeny, expression pattern, and possible functions. The assumption is that the MhyWUS1 and MhyWUS2 genes maintain the stem cell population in the inflorescence and flower meristems, MhyWOX13 has a role in the control of root stem cell niche, seed pod formation, flowering initiation, and basic cellular processes, MhyWOX4 functions in the Формирование и поддержание популяций стволовых клеток растения контролируются гомеодомен-содержащими факторами транскрипции семейства WOX. Эволюция гомеобоксных генов, кодирующих данные белки, считается одной из главных причин многообразия форм цветка и морфологии растения в целом. Меха-низм регуляции ниш стволовых клеток в апикальных меристемах признан консервативным для цветковых растений разных видов и наиболее подробно исследован на модели Arabidopsis thaliana. Морфологическое разнообразие покрытосеменных подразумева-ет наличие особенностей этого механизма, присущих отдельным видам, при сохранении основных сигнальных путей. Уникальный представитель покрытосеменных бесхлорофилльный микоге-теротроф подъельник Monotropa hypopitys получает питатель-ные вещества от корней деревьев через микоризный симбиоз. В индук тивных условиях адвентивные репродуктивные почки на корнях M. hypopitys выпускают цветонос с прицветниками и соцве-тием на конце. M. hypopitys так же, как и другие растения, форми-рует меристемы соцветия, цветка и корня, вероятно, используя консервативные пути регуляции ниш стволовых клеток. Изучение гомеобоксных генов такого растения расширит знания о важных эволюционных факторах транскрипции WOX и позволит лучше представлять механизмы...