A espécie Corydoras paleatus (Jenyns, 1842) está amplamente distribuída na região Sul do Brasil, ocorrendo desde o Rio Grande do Sul até o norte do Paraná. Estudos populacionais nessa espécie são considerados importantes devido à sua distribuição em uma região com forte interferência ambiental humana e pelo interesse comercial, uma vez que é vendida como peixe ornamental. Dezesseis caracteres morfométricos e seis caracteres merísticos foram utilizados para avaliação morfológica das populações das bacias dos rios Tibagi e Iguaçu (Paraná) e Lagoa dos Quadros (Rio Grande do Sul). Apesar do número de placas laterais ser mais variável nos exemplares do rio Iguaçu, a sobreposição das contagens tanto das placas quanto dos raios das nadadeiras não permitiu a discriminação segura das populações. Entretanto, foi observado com a análise dos componentes principais, que essas podem ser diferenciadas pelo crescimento alométrico dos caracteres morfométricos. Além disso, a amostra do rio Iguaçu ficou discriminada morfometricamente do rio Tibagi e Lagoa dos Quadros no primeiro eixo canônico, enquanto estas ficaram separadas no segundo eixo. A variação intraespecífica, observada nessa espécie, evidencia que análises morfométricas populacionais podem ser úteis na análise da diversidade biológica de determinada região. As diferenças morfométricas, aliadas ao isolamento geográfico, são indícios de que essas populações estão sujeitas a diferentes processos seletivos.