Molecular characterization of grapevine from Santa Catarina, Brazil, using microsatellite markers

Schuck, Mariane Ruzza; Moreira, Flavia M.; Guerra, Miguel Pedro; Voltolini, José Afonso; Grando, S.; Silva, Aparecido Lima da

doi:10.1590/s0100-204x2009000500008

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“…These mistakes are difficult to detect based on morphological descriptors, since they are highly influenced by environmental and developmental factors (Sefc et al, 2001). In contrast, SSRs markers have been used to solve problematic naming and for genetic diversity assessment (Leão & Motoike, -223 199-215 199-215 199-199 199-199 200-202 190-204 200-202 200-202 200-202 Sefc et al (1999) 193-195 193-193 193-193 193-195 193-195 (1) Cultivars analyzed in previous study by Schuck et al (2009).…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

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Obtaining interspecific hybrids, and molecular analysis by microsatellite markers in grapevine

Schuck

Biasi

Mariano

et al. 2011

Pesq. agropec. bras.

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-The objective of this work was to assess the potential of interspecific hybridization of Vitis labruscana and Muscadinia rotundifolia by using artificial cross-pollinations. Microsatellite markers were used to confirm interspecific hybridizations and the identity of the parental genotypes. In crosses in which M. rotundifolia was used as the female parent, no true hybrids were obtained. In the reciprocal crosses, 114 seedlings were identified as true V. labruscana x M. rotundifolia hybrids. Self-pollination occurred in direct and in reciprocal crosses. The crossings between 'Bordo' x 'Carlos', 'Magnolia', 'Regale' and 'Roanoke', and between 'Isabel' x 'Bountiful', 'Carlos', 'Magnolia', 'Regale' and 'Roanoke' were confirmed. The 15 markers evaluated showed that two M. rotundifolia parental genotypes had the same fingerprint profile, indicating a likely planting error. The success of hybridization depends mainly on the species and on the cultivar used as the female parent. Microsatellite markers are efficient to confirm the paternity of interspecific F1 hybrids and to determine the correct identity of M. rotundifolia cultivars.Index terms: Muscadinia rotundifolia, Vitis labruscana, hybrid identification, interspecific crosses, SSRs. Obtenção de híbridos interespecíficos e análise molecular por marcadores microssatélites em videira

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Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

“…DNA fingerprinting of the V. labruscana cultivars was done in a previous study by Schuck et al (2009). The SSR markers used in the present study were VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VVMD31, VVMD32, VrZag62, VrZag79, VMC4f3.1, VMC8g9, VMC7f2, VMC3df, VMC5a1, VMC5h2 and UDV108.…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Obtaining interspecific hybrids, and molecular analysis by microsatellite markers in grapevine

Schuck

Biasi

Mariano

et al. 2011

Pesq. agropec. bras.

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“…Essa ampla aplicação deve-se ao fato de que os SSR são codominantes e multialélicos, altamente reprodutíveis, têm ampla resolução e são baseados na reação em cadeia da DNA polimerase (PCR) (Oliveira et al, 2006). SSR podem ser usados, ainda, para diferenciar indivíduos geneticamente próximos e gerar bancos de dados de referência e apoio na proteção de cultivares, como em soja (Priolli et al, 2002), em aspargo (Caruso et al, 2008) e em videira (Schuck et al, 2009).…”

Section: Introductionunclassified

Caracterização molecular de cultivares de cebola com marcadores microssatélites

Santos

Oliveira

Rodrigues

et al. 2010

Pesq. agropec. bras.

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Resumo -O objetivo deste trabalho foi estabelecer padrões alélicos e estimar as distâncias genéticas baseadas em marcador SSR de 44 cultivares de cebola adaptadas às condições de cultivo tropicais e subtropicais do Brasil. Para visualização da similaridade genética, utilizou-se o dendrograma UPGMA gerado da matriz de distâncias do coefi ciente de Jaccard, com base em 40 alelos de 13 locos SSR. O DNA total foi extraído pelo método CTAB 2x, e os produtos de PCR foram analisados em géis de poliacrilamida desnaturante 6% e corados com nitrato de prata. O número de pares de bases foi estimado pelo método da mobilidade inversa, com base em regressão de produtos de tamanho conhecido. A média da heterozigosidade dos locos SSR foi 0,58. Os 40 alelos dos 13 locos SSR foram sufi cientes para distinguir as 44 cultivares de cebola. O maior número de alelos em comum foi observado entre as cultivares Yellow Granex e Henry's Special PRR e o menor, entre as cultivares Baia Periforme Super Precoce e Excel. Os sete grupos principais de cultivares identifi cados no dendrograma apresentaram concordância com a genealogia conhecida e o tipo agronômico das cultivares avaliadas. Os locos SSR selecionados são adequados para melhoramento e proteção de cultivares da espécie.Termos para indexação: Allium cepa, dendrograma, similaridade, SSR. Molecular characterization of onion cultivars using microsatellite markersAbstract -The objective of this work was to establish allelic patterns and to estimate genetic distances based on the SSR marker in 44 onion cultivars adapted to Brazil's tropical and subtropical growing conditions. An UPGMA dendrogram generated from the distance matrix of the Jaccard's coeffi cient, based on 40 alleles of 13 SSR loci, was used for visualizing genetic similarities. Total DNA was extracted according to the CTAB 2x protocol, and the PCR products were analyzed in 6% denaturing polyacrylamide gels and stained with silver nitrate. The number of base pairs was estimated by the inverse mobility method, based on regression of products of known size. The heterozygosity mean was 0.58 for all SSR loci. The 40 alleles of the 13 SSR loci were enough to distinguish all 44 onion cultivars. The highest number of common alleles was observed between Yellow Granex and Henry's Special PRR cultivars, and the lowest was observed between the Baia Periforme Super Precoce and Excel cultivars. The seven main groups of onion cultivars identifi ed in the dendrogram were in agreement with the known genetic genealogy and with the agronomic type of the analyzed cultivars. The selected SSR loci are adequate for breeding programs and for protection of the cultivars of the species.

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“…Diversas mutações deste tipo foram encontradas no germoplasma vitícola catarinense, como, por exemplo, a 'Niágara Branca', que difere da 'Niágara Rosada' pela coloração das bagas, a 'Grano d'Oro', que difere da 'Bordô' pelo vigor e produtividade, a 'Isabel Precoce', que se diferencia da 'Isabel' pelo menor ciclo, e a uva 'Itália', com suas diferentes mutações de coloração das bagas, como a 'Rubi', 'Benitaka', 'Red Meire' e 'Brasil' (SCHUCK et al, 2009).…”

Section: Resultsunclassified

Identificação molecular da uva 'Goethe' de Urussanga - SC por marcadores microssatélites

Schuck¹,

Moreira²,

Voltolini³

et al. 2010

Rev. Bras. Frutic.

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A variedade Goethe é símbolo da vitivinicultura da região de Urussanga, sul do Estado de Santa Catarina, a qual, atualmente, busca a Indicação Geográfica da Uva e do Vinho Goethe. Para isto, um dos requisitos necessários é a identificação precisa do material genético. Os marcadores microssatélites constituem a ferramenta molecular mais utilizada para a identificação varietal de videira em todo o mundo e têm a capacidade de produzir um perfil genético único para cada material vitícola. O objetivo deste trabalho foi caracterizar duas seleções de uva 'Goethe', presentes no município de Urussanga, por meio de marcadores moleculares microssatélites, visando a atender aos requisitos de denominação de origem e indicação de procedência controlada. A extração do DNA genômico foi realizada a partir de folhas jovens e ramos de nove acessos de cada seleção de 'Goethe Classica' e 'Goethe Primo' provenientes de uma coleção pública e de oito coleções privadas da região de Urussanga. Dez loci microssatélites VVS2, VVMD5, VVMD7, VVMD27, VrZAG62, VrZAG79, VVMD25, VVMD28, VVMD31 e VVMD32 foram genotipados através de eletroforese capilar. As análises realizadas mostraram que as duas variantes da uva 'Goethe' apresentaram um perfil molecular idêntico e único, isto é, representam a mesma variedade e sem nenhuma correspondência com variedades descritas anteriormente na literatura e nos bancos de dados consultados. As diferenças fenotípicas observadas provavelmente são devidas a mutações somáticas em regiões funcionais do genoma, fenômeno que dá origem aos clones em videira.

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Molecular characterization of grapevine from Santa Catarina, Brazil, using microsatellite markers

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Obtaining interspecific hybrids, and molecular analysis by microsatellite markers in grapevine

Obtaining interspecific hybrids, and molecular analysis by microsatellite markers in grapevine

Caracterização molecular de cultivares de cebola com marcadores microssatélites

Identificação molecular da uva 'Goethe' de Urussanga - SC por marcadores microssatélites

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