Este estudo observacional transversal teve como objetivo investigar a frequência, fatores associados e avaliar as alterações hematológicas e bioquímicas da infecção por E. canis em 396 cães saudáveis e domiciliados do município de Porto Seguro, Bahia. Além da coleta de amostras de sangue, foram obtidas informações adicionais sobre características intrínsecas e extrínsecas dos cães por meio de entrevistas semiestruturadas com seus tutores, a fim de identificar os fatores associados à infecção. Foi realizada a extração de DNA das amostras de sangue e pesquisa de E. canis pela técnica de nested PCR. A frequência de E. canis encontrada foi de 30,8% (122/396). Observou-se que a trombocitopenia (p<0,05) foi a alteração hematológica mais evidente entre os cães infectados por E. canis. Verificou-se que cães positivos possuem maior probabilidade de terem trombocitopenia, leucopenia e anemia em comparação aos animais negativos (p<0,05). Por meio do modelo de regressão logística, identificou-se que a presença de carrapatos (odds ratio [OR] = 1,66; intervalo de confiança [IC]: 1,05 - 2,63; valor p = 0,03) e residir na zona urbana (OR = 1,90; IC: 1,19 - 3,04; valor p = 0,007) foram fatores de risco para a infecção, enquanto morar próximo a áreas desmatadas (OR = 0,56; IC: 0,31 - 0,99; valor p = 0,05) e ter hábito domiciliar (OR = 0,51; IC: 0,31 - 0,85; valor p = 0,01) foram identificados como fatores de proteção. A elevada frequência de E. canis, combinada com a trombocitopenia e fatores associados que sinalizam para adoção de medidas de controle de carrapatos e diagnóstico da infecção, contribuem para uma melhor compreensão da epidemiologia local da infecção.