El conocimiento acerca de agentes patógenos presentes en aves silvestres es crucial para la apropiada prevención de eventos de transmisión que puedan afectar a la salud pública y animal. Esta revisión sistemática organiza toda la información disponible acerca de los patógenos virales y bacterianos de las aves silvestres chilenas, determina qué patógenos y órdenes de aves han recibido atención reciente por parte de la comunidad científica local, evalúa cambios en la frecuencia de publicación de artículos e identifica brechas en el conocimiento respecto a estos patógenos. Un total de 35 artículos revisados por pares han sido publicados desde enero de 1941 hasta abril de 2019. Agentes virales fueron evaluados en 11 estudios, mientras que 24 concernieron a bacterias. Los artículos científicos se han publicado mayormente de forma discontinua en años previos al 2006. Salmonella spp. e influenza aviar han sido los patógenos más estudiados con 10 y 8 estudios, respectivamente. Las regiones de Los Ríos y Valparaíso concentran el mayor número de estudios y no se ha realizado investigación en las regiones de O'Higgins, Maule y Aysén. En general, la información acerca de patógenos en aves silvestres es escasa, por lo que es necesario incrementar los esfuerzos para identificar patógenos portados por reservorios aviares y evaluar el riesgo potencial que pueden representar para la conservación de fauna silvestre, producción animal y el sistema de salud pública en Chile.