Molecular identification and characterization of filamentous fungi and yeasts isolated in a pharmaceutical industry environment

Identification of Penicillium verrucosum, Penicillium commune, and Penicillium crustosum Isolated from Chicken Eggs

“…Diguţă et al [28] proclaimed, that the combination of nine endonucleases (SduI, Hinf I, MseI, BfmI, MaeII, Cfr9I, Hpy188I, and PspGI) is sufficient for complete species discrimination. The identification of microscopic filamentous fungi by PCR-ITS-RFLP has been described in many studies [46][47][48][49][50][51][52][53][54][55]. The main advantage of this method is that no special equipment is required and the method can be used to identify a wide range of different microorganisms without the need to change the analytical procedure.…”

Identificação de fungos filamentosos em indústrias farmacêuticas: uma revisão integrativa da literatura

“…Outra limitação do sistema MALDI-TOF MS é que, apesar de muito utilizado, ainda existe uma escassez de dados divulgados na literatura científica relacionados a identificação de fungos filamentosos ambientais em indústrias farmacêuticas, impedindo a comparação de resultados para um melhor entendimento da microbiota de áreas produtivas e avanços no aprimoramento dos métodos de identificação até o nível de espécie (ANDRADE et al, 2018;LEITE et al, 2020). A ausência de um banco de dados público para MALDI, como é o caso de técnicas como o multilocus sequence typing (MLST) disponíveis no pubMLST (https://pubmlst.org/databases/) e o Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) para análises de sequencias de DNA, também dificulta a comparação e compartilhamento de dados por esta técnica (FLAUDROPS, 2017).…”

“…Os fungos filamentosos podem contaminar diversas áreas devido à facilidade de dispersão dos esporos e à possibilidade de crescimento em diferentes tipos de substrato (SANDLE, 2021). A identificação desses microrganismos, quando provenientes de ambientes de produção farmacêutica, se torna necessária para a elaboração de estratégias para redução de perdas na produtividade, desvios da qualidade, e reprovação de lotes, além da melhora do tempo de resposta em planos de ações (LEITE et al, 2020).…”

“…As regiões internas espaçadoras (ITS, do inglês Internal Transcribed Spacer) e do domínio D1/D2 do ácido desoxirribonucleico ribossomal (rDNA) são frequentemente utilizadas em análises moleculares e filogenéticas de fungos, uma vez que acumularam mais mutações quando comparadas às regiões codificadoras, o que permite estimar o tempo de divergência entre os táxons(LEITE et al, 2020).A análise dessas sequências vem sendo empregado na identificação, classificação taxonômica e caracterização intra e interespecífica de espécies fúngicas, pois possuem alto nível de variabilidade e de cópias no genoma, servindo de referência como código de barras (barcode) na diferenciação das espécies(SCHOCH et al, 2012).O rDNA dos fungos é formado pelos genes 18S, 5.8S e 26S ou 28S que são altamente conservados, possuindo papel fundamental na tradução do RNA em proteínas.Os domínios D1/D2 apresentam entre 300 e 800 pares de base (pb), fazendo parte do gene 26 ou 28S, enquanto as regiões ITS1 e ITS2 possuem entre 400 e 800 pb e são flanqueadas pelos genes 18S, 5.8S e 26 ou 28S (Figura 2)(REISS et al, 2011;KWIATKOWSKI et al, 2012;KIDD et al, 2016;WICKES & WIEDERHOLD, 2018).…”

“…As variações desses elementos entre as espécies, como presença de septo ou não na hifa, cor, arranjo e formação dos conídeos, surgimento comum de espécies crípticas, que são espécies que divergiram recentemente, isto é, ainda são morfologicamente idênticas, mas são diferentes geneticamente(MATUTE et al, 2006;GAUTIER et al, 2016). 132 MOREIRA, F. M ;(MALDI-TOF MS, do inglês Matrix Assisted Lazer Desorption Ionization -Time of flight) tem sido frequentemente utilizada na micologia clínica para a identificação rápida de fungos, sendo um passo crucial para determinação da terapia antifúngica que será aplicada ao paciente(DELAVY, 2019).Já na indústria farmacêutica, o MALDI-TOF MS é utilizado para o controle e monitoramento dos produtos e das áreas produtivas(CASSAGNE et al, 2016;HYDE et al, 2016;KHOT & FARRANCE, 2016;LEITE et al, 2020; USP, 2021). MALDI-TOF MS tem se mostrado uma ferramenta confiável, rápida e precisa na identificação de determinados grupos microbianos(COSTA et al, 2019;MEDEIROS,…”