La criptosporidiosis en una enfermedad que se caracteriza por generar episodios de diarrea en bovinos alrededor del mundo causada por un parásito protozoario del género Cryptosporidium spp. del phylum Apicomplexa y Familia Cryptosporiidae. Es responsable de importantes pérdidas económicas, y sumado a esto, genera un impacto en la salud humana, al poseer la capacidad de parasitar a humanos. El objetivo fue determinar la prevalencia y factores de riesgo asociados a Cryptosporidium spp. en bovinos de Chiquinquirá (Colombia). Se desarrolló un estudio descriptivo de corte transversal con muestreo aleatorio simple, en donde se tuvo en cuenta un tamaño muestral de 1,044 bovinos, entre machos y hembras, de diferentes razas, y grupos etarios con el programa estadístico WinEpi. Las muestras de materia fecal se tomaron directamente del recto y procesadas mediante la técnica de Ziehl-Neelsen modificada (ZN) para la identificación de ooquistes del parásito en el objetivo de 100X. Los datos se procesaron con el programa estadístico Epi Info®. Se encontró una prevalencia general del 7.3 % (73/1000), las hembras, los bovinos de 2 a 4 años y los cruces raciales fueron los más prevalentes. No se encontró asociación estadística significativa entre la raza, edad y sexo de los individuos evaluados, y la positividad al protozoario (P≥0,05). La compra de animales y las producciones de mayor tamaño se consideraron como factores de riesgo para la parasitosis. Se deben diseñar e implementar planes de prevención y control del protozoario basados en prácticas sanitarias que impidan la diseminación de los ooquistes que se encuentran en materia fecal.