OBJECTIVE: This study investigated the antibacterial action of 30% red propolis, 40% green propolis and 2.5% sodium hypochlorite with irrigation protocols in infected root canals. METHODS: During 60 days, twenty-four root canals were inoculated with E. faecalis. In all experimental groups were performed root canal preparation and two irrigation protocols -passive ultrasonic irrigation and conventional irrigation. In the groups 1, 3, 5 and 7 it were made root canal preparation associated to conventional irrigation with 30% propolis, 40% propolis, 2.5% sodium hypochlorite and distilled water, respectively. In groups 2, 4, 6 and 8 it was made root canal preparation associated with passive ultrasonic irrigation with the solutions described above. The groups 9 and 10 were the controls (negative and positive). Samples of the root canals were collected and immersed in 7 mL of BHI, for 48 hours, at 37ºC. Bacterial growth was analyzed by turbidity of the culture medium. RESULTS: Antibacterial action was observed of 30% red propolis and 2.5% sodium hypochlorite when used passive ultrasonic irrigation and conventional irrigation after 20 minutes, but in 72 hours it was not effective. CONCLUSION: The irrigating agents and protocols were not effective to eliminate the microorganisms of the infected root canals. Clinical Significance: Propolis presents potential for clinical application due to its antimicrobial, anti-inflammatory, antioxidant and low toxicity properties. Key words: Endodontic; Propolis; Sodium hypochlorite Ação antimicrobiana do extrato de própolis vermelho e verde em canais radiculares infectados RESUMO OBJETIVO: Investigar a ação antibacteriana do própolis vermelhos 30%, do própolis verde 40% e do hipoclorito de sódio 2,5% com protocolos de irrigação em canais radiculares infectados. MÉTODOS: Durante 60 dias, vinte e quatro canais radiculares foram inoculados com E. faecalis. Em todos os grupos experimentais foi realizado o preparo do canal radicular e dois protocolos de irrigação -irrigação ultra-sônica passiva e irrigação convencional. Nos grupos 1, 3, 5 e 7 foi feito o preparo do canal radicular associado à irrigação convencional com própolis 30%, própolis 40%, hipoclorito de sódio 2,5% e água destilada, respectivamente. Nos grupos 2, 4, 6 e 8 foi feito o preparo do canal radicular associado à irrigação ultra-sônica passiva com as soluções descritas acima. Os grupos 9 e 10 foram os controles (negativos e positivos). Amostras dos canais radiculares foram coletadas e imersas em 7 mL de BHI, durante 48 horas, a 37ºC. O crescimento bacteriano foi analisado por turvação do meio de cultura. RESULTADOS: Ação antibacteriana foi observada com própolis vermelho 30% e hipoclorito de sódio 2,5% quando utilizado irrigação ultra-sônica passiva e irrigação convencional após 20 minutos, porém, após 72 horas as substâncias não foram efetivas. CONCLUSÃO: Os agentes de irrigação e os protocolos não foram efetivos para eliminar os microorganismos dos canais radiculares infectados.