Supplementary stocking of fish in natural environments is a way to mitigate or compensate for the changes imposed on wild populations by river damming. Since little is known about the genetic composition of the supplementary stocks obtained by pooled-milt fertilization, the aim of this study was to determine the individual contributions of male jundiá Rhamdia quelen to offspring. Sperm from four males were mixed using equal volume of sperm from each of the males to fertilize eggs from only one female, kept in three blend with six males and three females. The proportions of larvae sired by the different males were quantified using five polymorphic DNA microsatellite loci. Analysis of these loci allowed paternal determination of 84% of the progeny, at a 0.972 combined exclusion probability. Broodstock milt had good fertilizing capacity when used alone, but when pooled the fertilizing capacities, its fertilizing possibility varied from 4 to 65%. Results show that milt pools favor gametes of some males over others, thus reducing the progeny's genetic variability.A estocagem de suplementação de peixes em ambientes naturais é uma das maneiras de mitigar ou compensar as alterações impostas pelo represamento dos rios às populações selvagens. Pouco se conhece sobre a composição genética dos estoques repovoadores obtidos através do manejo reprodutivo com fertilizações com o uso de pool de sêmen, de maneira que este trabalho teve como objetivo verificar a contribuição individual de machos de jundiá (Rhamdia quelen) na progênie. O mesmo volume de sêmen de quatro machos foi misturado para fertilizar os ovócitos de uma única fêmea, sendo mantidos em três combinações com seis machos e três fêmeas. A proporção de larvas geradas de diferentes machos foi quantificada através de cinco marcadores microssatélites. A análise dos cinco locus permitiu a determinação da paternidade de 84% da progênie, com 0,972 de probabilidade de exclusão combinada. O sêmen dos reprodutores apresentou boa capacidade de fertilização quando utilizados separadamente, porém, quando utilizados em pool apresentaram capacidade de fertilização entre 4 a 65%. Os resultados revelam que o pool de sêmen favorece alguns machos sobre outros, reduzindo a variabilidade genética da progênie.