“Newton’s cradle” proton relay with amide–imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography

Abstract

A study of the visualization of proton relay in cellulase by neutron crystallography.

Application of profile fitting method to neutron time-of-flight protein single crystal diffraction data collected at the iBIX

“…STARGazer12, d*TREK modified for wavelength-resolved Laue neutron crystallography13, and Mantid14 are used at iBIX, PCS, and MaNDi, respectively. Overall, the data quality indices R merge and R pim 15 of TOF NPC diffraction data are higher than monochromatic synchrotron X-ray and nuclear reactor neutron diffraction data161718192021222324. In comparison to monochromatic synchrotron X-ray and nuclear reactor neutron diffraction data, the data processing TOF NPC diffraction data can be improved, and the lowering of R merge and R pim is a common problem in all neutron TOF single-crystal diffractometers.…”

Clonagem, expressão e purificação de glicosil hidrolases (GH5 e GH45) provenientes do fungo <i>Gloeophyllum trabeum</i> e estudo da ação das proteínas como auxiliares na hidrólise de polissacarídeos

“…Depois do número de acesso esta a especificação à qual grupo a proteína pertence. Para P. chrysosporium foram anotados os amino-ácidos catalíticos (estrela vermelha) e os resíduos adjacentes, apontados como fundamentais para a atividade catalítica da GH45 em um estudo apresentado por Nakamura et al (2015) que denominaram estes amino-ácidos de "Newton Cradle" numa alusão ao "caminho do próton" durante a hidrólise (marcações rosas) (ver tmabém figura 5, página 40). 72 Figura 20: Desenvolvimento de A. nidulans com o inserto para expressão da GtGH45 nas diferentes condições de cultivo (tempo e concentração de maltose).…”

“…Para P. chrysosporium foram anotados os amino-ácidos catalíticos (estrela vermelha) e os resíduos adjacentes, apontados como fundamentais para a atividade catalítica da GH45 em um estudo apresentado por Nakamura et al (2015) que denominaram estes amino-ácidos de "Newton Cradle" numa alusão ao "caminho do próton" durante a hidrólise (marcações rosas) (ver tmabém figura 5, página 40).…”

“…Também nota-se que todos os amino-ácidos catalíticos e todos os resíduos adjacentes reportados por Nakamura et al (2015) como envolvidos no mecanismo de ação da PcGH45 estão conservados na GtGH45. Esta similaridade sugere, mais uma vez, que estas GHs45 são relevantes para o metabolismo de celulose nos fungos em questão, pois foi conservada mesmo em organismos que divergem quanto ao modo de degradação da biomassa, sendo P. chrysosporium um fungo de decomposição branca e G. trabeum um fungo de decomposição parda.…”

“…Esse padrão de clivagem da GtGH45 segue o mesmo apresentado pela GH45 de P. chrysosporium reportada por Nakamura et al (2015).…”