Objetivou avaliar o nível de atividade física, capacidade funcional (CF) e a flexibilidade de adultos jovens antes e após dez meses de ingresso em um programa de exercícios físicos no Exército brasileiro. Trata-se de uma pesquisa de coorte prospectivo. O nível de atividade física foi avaliado pelo Questionário Internacional de Atividade Física (IPAQ), a CF, pelo Teste de Cooper, e a flexibilidade, pelo Banco de Wells. Amostra (n = 198; 18±0,27 anos) com índice de massa corporal (IMC) de 23,23±3,84 kg/m2. Após dez meses de admissão no Exército, constatou-se redução na prevalência de sedentarismo (33 28%) e na CF (2.982±243,61 3.117±192,87 m), sem alteração da flexibilidade (27,31±7,39 27,52±7,40 cm). Houve grande tamanho de efeito no IMC, na relação cintura quadril (RCQ) e na flexibilidade. Conclui-se que a inserção em um programa de exercícios físicos no Exército brasileiro aumentou a CF e reduziu a RCQ dos jovens.