Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli

Argaman, Liron; Hershberg, Ruth; Vogel, Jörg; Bejerano, Gill; Wagner, E. Gerhart H.; Margalit, Hanah; Altuvia, Shoshy

doi:10.1016/s0960-9822(01)00270-6

Cited by 684 publications

(749 citation statements)

References 43 publications

Supporting

Mentioning

708

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…55 c sraF encodes a small RNA. 56 Phage l and int Mutant Secondary Attachment Sites frequencies at eight frequently used sites by PCR amplification of DNAs prepared from mixed populations of lysogens that were prepared in the same way and were about the same size as those used for Southern blots. The results ( Figure 4) were largely but not completely consistent with those obtained by amplifying DNA from many individual lysogens.…”

Section: Identification Of Individual Secondary Att Sitesmentioning

confidence: 99%

Analysis of Insertion into Secondary Attachment Sites by Phage λ and by int Mutants with Altered Recombination Specificity

Rutkai

Dorgai

Sirot

et al. 2003

Journal of Molecular Biology

View full text Add to dashboard Cite

When phage l lysogenizes a cell that lacks the primary bacterial attachment site, integrase catalyzes insertion of the phage chromosome into one of many secondary sites. Here, we characterize the secondary sites that are preferred by wild-type l and by l int mutants with altered insertion specificity. The sequences of these secondary sites resembled that of the primary site: they contained two imperfect inverted repeats flanking a short spacer. The imperfect inverted repeats of the primary site bind integrase, while the 7 bp spacer, or overlap region, swaps strands with a complementary sequence in the phage attachment site during recombination. We found substantial sequence conservation in the imperfect inverted repeats of secondary sites, and nearly perfect conservation in the leftmost three bases of the overlap region. By contrast, the rightmost bases of the overlap region were much more variable. A phage with an altered overlap region preferred to insert into secondary sites with the corresponding bases. We suggest that this difference between the left and right segments is a result of the defined order of strand exchanges during integrase-promoted recombination. This suggestion accounts for the unexpected segregation pattern of the overlap region observed after insertion into several secondary sites. Some of the altered specificity int mutants differed from wild-type in secondary site preference, but we were unable to identify simple sequence motifs that account for these differences. We propose that insertion into secondary sites is a step in the evolutionary change of phage insertion specificity and present a model of how this might occur.Published by Elsevier Science Ltd

show abstract

Section: Identification Of Individual Secondary Att Sitesmentioning

confidence: 99%

Analysis of Insertion into Secondary Attachment Sites by Phage λ and by int Mutants with Altered Recombination Specificity

Rutkai

Dorgai

Sirot

et al. 2003

Journal of Molecular Biology

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Strategies for bioinformatics screens include those that search for consensus promoter and terminator sequences in intergenic regions [12], conserved primary or secondary structure [13] or bias in base composition [14]. We describe a computational screen for ncRNAs in the P. falciparum genome that was inspired by an observation in A-T rich hyperthermophiles, viz.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

A screen for conserved sequences with biased base composition identifies noncoding RNAs in the A–T rich genome of Plasmodium falciparum

Upadhyay

Bawankar

Malhotra

et al. 2005

Molecular and Biochemical Parasitology

View full text Add to dashboard Cite

“…Однако явное преобладание коротких продуктов свидетельствует о посттранскрипционном процессинге исходных РНК. Известно, что обе РНК имеют нестабильный размер: от 249 до 150 н. для RyeA и от 104 до 74 н. для SdsR [29,30], что предполагает их посттранскрипционный процессинг, который может быть опосредован образованием частично комплементарного дуплекса не внутри одной РНК, а с участием двух независимо транскрибируемых продуктов [30,31]. Не исключено, что конечной целью этого процессинга является образование нетипичных для бактерий совсем коротких РНК-дуплексов, напоминающих микроРНК высших организмов.…”

Section: иммобилизованный на акрилатных сферах Dps может сорбировать unclassified

Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules

Bykov¹,

Bykov²

2016

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. Для взаимодействия с сахаро-фосфатным остовом ДНК архитектурный белок бактериального нуклеоида Dps использует боковые группы лизинов, расположенные на его N-концевых модулях. Электростатический характер взаимодействия предполагает способность Dps связываться с любой нуклеотидной последовательностью, в том числе с РНК. Имеющиеся данные указывают также на то, что Dps имеет повышенное сродство к разветвлённым структурам в ДНК. В РНК такие структуры формируются гораздо чаще, чем в ДНК. Поэтому в работе исследована способность очищенного и иммобилизованного на акрилатных сферах белка Dps связываться с изолированными из бактериальных клеток короткими РНК и установлено, что предпочтительными мишенями для взаимодействия являются транспортные и малые регуляторные РНК, формирующие стабильные вторичные структуры. Среди РНК, обнаруженных в комплексе с Dps, оказалось 8 транскриптов, соответствующих межгенным пространствам, что может свидетельствовать о наличии в них новых генов. Кроме этого, были зарегистрированы продукты длиной 9-13 нуклеотидов, принадлежащие малым нетранслируемым РНК SdsR и RyeA, транскрибируемым по обеим нитям из одного геномного локуса. Так как число более длинных транскриптов из этой области оказалось, по крайней мере, в пять раз меньшим, можно предположить, что два встречных продукта формируют частично комплементарный дуплекс, подвергающийся контролируемому процессингу. Избирательность Dps к этим молекулам, также как к другим структурированным РНК, указывает на возможность его участия не только в конденсации бактериального генома, но и в поддержании функционального состояния клеточного транскриптома.Ключевые слова: Dps, комплексы Dps-РНК, pull-down assay, RNA-seq.

show abstract

Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli

Abstract: Based on our results, we conclude that small RNAs are much more widespread than previously imagined and that these versatile molecules may play important roles in the fine-tuning of cell responses to changing environments.

Cited by 684 publications

References 43 publications

Analysis of Insertion into Secondary Attachment Sites by Phage λ and by int Mutants with Altered Recombination Specificity

Analysis of Insertion into Secondary Attachment Sites by Phage λ and by int Mutants with Altered Recombination Specificity

A screen for conserved sequences with biased base composition identifies noncoding RNAs in the A–T rich genome of Plasmodium falciparum

Bacterial nucleoid protein Dps binds structured RNA molecules

Contact Info

Product

Resources

About