Nuevas aportaciones a la caracterización de genes de susceptibilidad en cáncer de mama

Abstract

Índice 6.-ESPECTRO MUTACIONAL DE BRCA1 Y BRCA2 40 6.1.-TIPOS DE MUTACIONES SEGÚN SU EFECTO FISIOPATOLÓGICO 41 6.1.1.-MUTACIONES PATOGÉNICAS 41 -ÍNDICE GENERAL -Índice 2 6.1.2.-MUTACIONES NEUTRALES O POLIMORFISMOS 43 6.1.3.-MUTACIONES DE SIGNIFICADO DESCONOCIDO 44 7.-IMPORTANCIA DEL DIAGNÓSTICO GENÉTICO 46 HIPÓTESIS DE TRABAJO Y OBJETIVOS 49 MATERIAL Y MÉTODOS 52 1.-PACIENTES EN ESTUDIO 53 2.-CONTROLES 55 3.-EXTRACCIÓN DE DNA 55 4.-AMPLIFICACIÓN DEL DNA 56 5.-PCR "EXTENDED" 63 6.-EXTRACCIÓN DE RNA Y RT-PCR 64 7.-ANÁLISIS DE LOS PRODUCTOS AMPLIFICADOS MEDIANTE CSGE 69 8.-DISCRIMINACIÓN ALÉLICA MEDIANTE dHPLC 70 9.-DISCRIMINACIÓN ALÉLICA MEDIANTE ENZIMAS DE RESTRICCIÓN 71 10.-SECUENCIACIÓN AUTOMÁTICA 74 11.-ANÁLISIS DE GRANDES ALTERACIONES GENÓMICAS MEDIANTE MLPA. 74 12.-PROGRAMAS BIOINFORMÁTICOS 79 RESULTADOS 85 1.-MUTACIONES PUNTUALES ENCONTRADAS EN BRCA1 Y BRCA2 86 1.1.-MUTACIONES PATOGÉNICAS 86 1.1.1.-MUTACIONES PATOGÉNICAS EN BRCA1 86 A) Cambios en el marco de lectura 87 B) Mutaciones sin sentido "nonsense" 88 C) Cambios de aminoácido patogénicos 89 D) Mutaciones que afectan a la maduración del mRNA 91 1.1.2.-MUTACIONES PATOGÉNICAS EN BRCA2 94 A) Cambios en el marco de lectura 94 B) Mutaciones sin sentido "nonsense" 97 1.2.-POLIMORFISMOS NEUTRALES 98 1.2.1.-POLIMORFISMOS DE BRCA1 99 1.2.2.-POLIMORFISMOS DE BRCA2 103 1.3.-VARIANTES SIN CLASIFICAR ("UVs") 108 1.3.1.-VARIANTES SIN CLASIFICAR DE BRCA1 108 1.3.2.-VARIANTES SIN CLASIFICAR DE BRCA2 110 2.-ESTUDIO PORMENORIZADO DE ALGUNAS VARIANTES SIN CLASIFICAR 112 2.1.-RASTREO DE LAS VARIANTES EN LA POBLACIÓN GENERAL 112 Índice 3 2.2.-SITUACIÓN DENTRO DE LA PROTEÍNA Y TIPO DE CAMBIO DE AMINOÁCIDO 116 2.3.-CONSERVACIÓN ENTRE ESPECIES 117 2.4.-ESTUDIOS "IN SILICO" 118 2.5.-ESTUDIO DEL PROCESAMIENTO DE mRNA 119 2.6.-PRESENCIA SIMULTÁNEA DE MUTACIONES PATOGÉNICAS CON LAS VARIANTES "UV" 124 2.7.-REVISIÓN BIBLIOGRÁFICA 124 3.-ESTUDIO DE GRANDES REORDENAMIENTOS EN BRCA1 Y BRCA2 127 DISCUSIÓN 130 1.-RESULTADOS DE LA BÚSQUEDA DE MUTACIONES PUNTUALES A) Variantes que pueden considerarse neutrales 156 B) Variantes con posible efecto patogénico 159 2.-GRANDES REESTRUCTURACIONES EN BRCA1 Y BRCA2 163 CONCLUSIONES 166 BIBLIOGRAFÍA 168 INTRODUCCIÓN