Resumo Este artigo analisa o Programa Integrado de Doenças Endêmicas (PIDE), criado em 1973 no Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq), com recursos da Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), para financiar pesquisas sobre doenças consideradas estratégicas aos planos de desenvolvimento econômico do regime militar (1964-1985). O PIDE é reconhecido como marco na história da parasitologia brasileira. Sua formulação ocorreu em um período de violenta repressão da ditadura ao campo acadêmico e, ao mesmo tempo, de significativos investimentos governamentais em ciência e tecnologia. O artigo examina as circunstâncias de sua criação e implementação e analisa os sentidos que assumiu para os planejadores da área de C&T e para os cientistas que o coordenaram. Argumenta-se que o PIDE foi um exemplo de como a comunidade científica soube utilizar os recursos financeiros e institucionais da política científica e tecnológica da década de 1970 para fazer avançar a tradição de pesquisa em doenças parasitárias e inovar sua agenda. Pretende-se contribuir para a historiografia que vem refletindo, a partir de casos históricos específicos, sobre o caráter paradoxal de um regime que, em seu projeto de modernização autoritária, simultaneamente perseguiu cientistas e apoiou a ciência.