Introdução: Indivíduos com lesão medular normalmente têm estilo de vida sedentário e baixos níveis do colesterol-HDL. O exercício regular melhora o perfil lipídico, mas pouco se sabe sobre como prescrever exercícios com esta finalidade para tal população. Objetivo: Investigar o efeito do basquetebol no perfil lipídico de sujeitos com lesão medular. Métodos: Nove voluntários participaram do treinamento de basquetebol em cadeira de rodas, três vezes por semana, durante 14 semanas. A intensidade média do treino foi 60% da frequência cardíaca máxima. Analisou-se o perfil lipídico antes e após o treinamento. Resultados: Verificaram-se aumentos significantes de 24,6% nos níveis de HDL-C (colesterol HDL) (p 0,05); e diminuições de 11,4% e 12,4%, nas relações CT (colesterol total)/HDL-C e LDL-C (colesterol LDL)/HDL-C, respectivamente, comparados ao grupo controle (n=12). Conclusões: O basquetebol em cadeira de rodas promoveu alterações positivas no colesterol-HDL e pode ser estratégia não medicamentosa para redução do risco de doença cardiovascular nessa população.