Se condujo una investigación en Venezuela desde septiembre de 2015 hasta agosto de 2016 con la finalidad de determinar la dinámica de la infección por Cystoisospora suis en una granja piloto. Para la determinación parasitaria se colectaron 480 muestras fecales de camadas (cuarenta muestras mensuales). Todas las muestras se cultivaron en dicromato de potasio al 2,5% y posteriormente fueron procesadas con una técnica copro-parasitológica. Los resultados de esta investigación señalan que C. suis se encontró presente durante todo el período de estudio con 52,08% de prevalencia, y sus mayores valores en lechones con dos semanas de vida. Probablemente, las condiciones de manejo y salubridad de la granja favorecen los mecanismos de sobrevivencia y proliferación del parásito. Con respecto al mes de muestreo, no se encontró significancia estadística entre las constantes meteorológicas y la prevalencia por C. suis, lo que podría indicar que el ambiente no tuvo ningún efecto sobre la presencia del protozoario. Los datos recogidos en la encuesta epidemiológica se analizaron mediante una prueba de correlación de Spearman, y se determinó asociación estadísticamente significativa entre la prevalencia y la presencia veterinaria, protocolo de desinfección 3 y empleo de Baycox al 5%. Se concluye que las condiciones meteorológicas registradas en nuestro medio son óptimas para que ocurra el proceso de esporulación, y por tanto, mantener viables ooquistes de C. suis durante todo el año.