La condición ecológica es un parámetro que permite diagnosticar la estructura y funcionalidad de los ríos. La cuenca del Río Margaritas, localizada en el municipio de Pijijiapan, Chiapas, México es una fuente importante de recarga y provisión hídrica. Con el objetivo de evaluar la condición ecológica presente en un gradiente altitudinal del Río Margaritas, se realizó la evaluación visual del hábitat físico a través del protocolo de Barbour y se determinaron los parámetros fisicoquímicos (profundidad, oxígeno disuelto, conductividad eléctrica, temperatura, salinidad y potencial de Hidrógeno). También se cuantificaron los iones de amonio, nitritos, nitratos y fosfatos en tres sitios de estudio. Se realizaron tres repeticiones y se aplicó un análisis de varianza y comparación de medias por Tukey-kramer (p ≥ 0.05). Los resultados mostraron una condición de hábitat sub óptima (sitios Margaritas 1 y 2) y marginal (sitio Río Ramón). Los parámetros fisicoquímicos presentaron diferencias significativas para la conductividad eléctrica específica en el sitio (F2,6 = 68.77 p ≤ 0.0001), conductividad eléctrica a 25 ºC (F2,6 = 59.67 p = 0.0001) y temperatura del agua (F2,6 = 160.66, p ≤ 0.0001), donde los valores más altos fueron los del sitio Margaritas 2. La concentración de nitratos (6.83 ± 0.55 mg/L) y nitritos (3.67 ± 1.15 mg/L) obtenidos en el sitio Margaritas 2 fueron los valores más altos. Finalmente, los iones de fosfato presentaron los valores más altos en el sitio Río Ramón (0.12 ± 0.05 mg/L). Los resultados obtenidos brindan una perspectiva actual sobre el estado y condición del Río Margaritas, siendo necesario implementar estrategias de gestión propicias para cada zona de estudio.