The skeletal muscles of the dorsolateral region of the head of the Nematogenyidae and representatives of the all major clades of the Trichomycteridae are described and illustrated. A hypothesis on the phylogenetic relationships among these taxa exclusively based on the surveyed musculature is presented. The single most parsimonious cladogram obtained from the phylogenetic analysis of the 36 myological characters gathered and 35 terminal-taxa mostly agrees with the previous hypotheses of trichomycterid intrarelationships. The Copionodontinae and Trichogeninae form a monophyletic lineage that is the sistergroup to all remaining trichomycterids. The monophyly of the clades formed by Glanapteryginae plus Sarcoglanidinae; Stegophilinae plus Tridentinae plus Vandelliinae; and the assemblage comprising all of these five subfamilies (TSVSG clade) is corroborated. Two of our findings are, however, discordant with the previous prevailing hypotheses: the sister-group relationship among Tridentinae and Stegophilinae and the monophyly of the Trichomycterinae lato sensu, i.e., including the genera Scleronema and Ituglanis. In addition, the previously proposed osteological synapomorphies supporting the close affinities of Scleronema and Ituglanis with the TSVSG clade were revised, revealing that they are either invalid or ambiguous. Most of the synapomorphies herein proposed are homoplasy-free, with some of them corroborating the monophyly of weakly-supported groups, such as Stegophilinae.Os músculos esqueléticos da região dorsolateral da cabeça de Nematogenyidae e de representantes de todos os maiores clados de Trichomycteridae são descritos e ilustrados. Uma hipótese das relações filogenéticas entre estes táxons, baseada exclusivamente na musculatura estudada, é apresentada. O único cladograma mais parcimonioso obtido da análise filogenética dos 36 caracteres miológicos levantados e 35 táxons-terminais concorda com a maior parte das hipóteses anteriores de relações entre os tricomicterídeos. Copionodontinae e Trichogeninae formam uma linhagem monofilética que é grupo-irmã de todos os demais tricomicterídeos. O monofiletismo dos clados formados por Glanapteryginae mais Sarcoglanidinae; Stegophilinae mais Tridentinae mais Vandelliinae; e do agrupamento incluindo estas cinco subfamílias (clado TSVSG) é corroborado. Duas de nossas descobertas são, entretanto, discordantes com relação às hipóteses anteriores mais aceitas: a relação de grupo-irmão entre Tridentinae e Stegophilinae e o monofiletismo de Trichomycterinae lato sensu, i.e., incluindo os gêneros Scleronema e Ituglanis. Além disso, as sinapomorfias osteológicas previamente propostas suportando as relações de afinidade de Scleronema e Ituglanis com o clado TSVSG foram revisadas, revelando serem inválidas ou ambíguas. A maior parte das sinapomorfias aqui propostas são livres de homoplasias, com algumas delas corroborando o monofiletismo de grupos fracamente suportados, tais como o da subfamília Stegophilinae.