Optimizando Escalonamentos de Alinhamentos Biológicos sob Restrições de Memória

Abstract

Em um trabalho anterior, escalonamentos em pipeline foram demonstrados ser assintoticamente ótimo em termos de makespan enquanto requer o menor consumo de memória para executar um conjunto de alinhamentos biológicos. Em particular, este artigo foca em determinar se makespans menores que aqueles de escalonamentos em pipeline existem para experimentos de tamanho limitado e, se existir, quanto é possível melhorar e a qual custo.