Estudos na área de biologia molecular têm evoluído rapidamente e novas técnicas, a exemplo da RT-qPCR, têm-se mostrado úteis na quantificação de padrões de expressão gênica relacionados à qualidade de sementes. No entanto, a utilização dessas técnicas depende diretamente da obtenção de um RNA de boa qualidade e em quantidadesadequadas. Nesse trabalho foram testados quatro métodos de extração de RNA (Método CTAB,Borato quente, Pure Link Reagent e Trizol Reagent), em quatro diferentes estádios de desenvolvimento de sementes de pimenta habanero (Capsicum chinenses), com o objetivo de determinar qual método é mais eficiente na obtenção de um RNA de maior qualidade e quantidade. Alem da extração do RNA as sementes também foram submetidas às analises das isoenzimas esterase, superoxido dismutase, α-amilase, β-amilase e endo-β-mananase. Foi observado que o método, Pure Link Reagent foi o que apresentou RNAs mais puros e sem degradação, nas sementes de pimenta nos estádios de desenvolvimento testados, que poderão ser utilizados para a análise de expressão gênica.