Cet article décrit les aspects méthodologiques de la recherche en anthropologie à l’épreuve du covid en Guinée. Nos expériences comme patients positifs au sein des centres de traitement épidémiques (CT-Epi) nous ont poussés à développer une approche originale basée sur un assemblage d’outils méthodologiques permettant de faire émerger une nouvelle manière d’être au terrain et à la recherche. Dans un premier temps, nous présentons les spécificités de cette méthodologie axée sur le corps et le soi comme objet et outil d’investigation ethnographique – une « ethnographie croisée » combinant ethnographie classique et auto-ethnographie – tout en adressant les enjeux éthiques et épistémologiques qu’elle soulève. Dans un second temps, nous montrons comment cette approche nous a permis de faire une ethnographie plus fine des CT-Epi, par la mise en lumière de la prise en charge holistique des patients, du sentiment d’enfermement et des inégalités de soin, et des tactiques non officielles des acteurs afin de gérer le risque épidémique et social.