Participation of nitrogen bases in the tertiary folding of tRNALeu from Thermus thermophilus

Abstract

Методами хімічної модифікації вивчено реакційну здатність азотистих основ, шр входять до складу тРНК 1 *" із Т. thermophilus. Одержані результати свідчать про існування молекул тРНК 1 *" в розчині у вигляді канонічної L-форми. В корі молекули виникають триплетні взаємодії (8-14)-21у (13-22J-9 і (15-48)~20а. Дві останні є характерною особливістю відомих просторо вих структур тРНК 11 класу. Встановлено, шр залишки 15 і 21 мають різну реакційну здатність у mPHK heu і тРНК* ег із Т. thermophilus, шр вказує на відмінності у просторовій будові корових частин цих тРНК.

Recognition of tRNAs with a long variable arm by aminoacyl-tRNA synthetases

“…There are two related aspects: firstly, the structure of the tRNA core and, secondly, the orientation of the long variable arm. The core structure of T. thermophilus tRNA Leu has several layers of unusual base-pairs, which are revealed by both the crystal structure and probing a ligand-free tRNA Leu with the specific chemical reagents in solution [45,51] (Fig. 4, B).…”

“…Co-crystal structures of Ser RS, LeuRS, and TyrRS that aminoacylate the type 2 tRNAs together with the footprinting and biochemical data show that the enzymes recognize the unique core domain shape arising from the large stem-loop variable region. The structural description of three bacterial tRNAs with the long variable arms, tRNA Ser , tRNA Leu and tRNA Tyr , has provided an explanation of how the systematic differences between them (correlate insertions in the D loop and the base of the long variable arm) lead to the unique core structure and long-variable-arm orientation in each case [18,30,45,51,60,62]. The recognition by SerRS, LeuRS and TyRS of distinct globular shape in these type 2 tRNAs as a mechanism for selectivity is related to so-called «indirect readout», because usually most or all of the interactions are made with the sugar-phosphate backbone [45].…”