Los medicamentos de control especial son aquellos que en su composición contienen fármacos que pueden desarrollar dependencia o ser utilizados con fines no médicos, los cuales cuentan con requisitos diferenciales para su fabricación, distribución y dispensación. Los problemas relacionados con estos medicamentos y las intoxicaciones que pueden causar plantean la necesidad de un monitoreo permanente y el establecimiento de medidas de control para disminuir su presentación. El presente es un estudio descriptivo de corte transversal de los reportes de farmacovigilancia recibidos durante el periodo de enero de 2021 a junio de 2023 en la ciudad de Bogotá D. C., por el programa distrital de farmacovigilancia. Se describen 554 reportes de problemas relacionados con medicamentos notificados por 52 instituciones prestadoras de servicios de salud (IPS) en el sistema de información de farmacovigilancia (Vigiflow) y 588 casos de intoxicaciones notificados por 73 IPS en el sistema de información de vigilancia en salud pública (Sivigila). Los fármacos implicados fueron hidromorfona, cannabis, morfina, midazolam, clonazepam, fentanilo, oxicodona, tapentadol, metadona, lorazepam, alprazolam, ketamina, meperidina, fenobarbital, tiopental, oxicodona, remifentanilo, diazepam, zolpidem y buprenorfina. Las reacciones adversas presentadas corresponden a efectos depresores como somnolencia, depresión respiratoria, mareo, náuseas, estreñimiento, alucinaciones, ansiedad y boca seca. En cuanto a las intoxicaciones, en su mayoría afectan a pacientes del sexo masculino entre los 20 y 39 años de edad, en contextos de exposición de intencionalidad delictiva. Se concluye que los problemas relacionados con medicamentos de control especial e intoxicaciones representan morbi-mortalidad en nuestra población, y recomendamos intervenciones de salud pública como la constitución de un fondo rotatorio de estupefacientes, la inscripción de prescriptores y la implementación de recetarios oficiales, entre otras, que puedan aminorar una parte de la problemática expuesta.