El mundo actual se caracteriza por su complejidad, demostrando altos niveles de incertidumbre, heterogeneidad social y caos en entornos dinámicos. Para explicarlo, ha surgido la transcomplejidad como una forma de producción de conocimiento transdisciplinario a partir de una posición flexible y multivariada para el abordaje de la realidad. Esto permite el diálogo entre disciplinas para comprender fenómenos complejos. Ante un mundo transcomplejo, surge el deseo por comprender cómo deben operar las instituciones de educación superior (IES). Por ello, el objetivo de este trabajo fue analizar los desafíos y las oportunidades de las universidades en un mundo transcomplejo. El estudio corresponde a una investigación descriptiva, equivalente a un diseño de estudio de caso de una universidad privada salvadoreña, centrada en el proceso de cambio institucional hacia un modelo ecosistémico de gestión. Inicialmente, se realizó un diagnóstico institucional, demostrando fragmentación entre estructuras tanto académicas como administrativas. En función de los factores ecosistémicos, se planificó la hoja de ruta para implementar el paradigma de gestión de la universidad ecosistémica. Implicó la conformación de seis equipos de trabajo: 1. Dirección del proyecto, 2. Gobernanza y gestión, 3. Desarrollo académico, 4. Investigación, innovación y transferencia, 5. Proyección Social y 6. Evolución institucional. Desde esta perspectiva, la universidad ecosistémica se visualiza como un sistema en constante construcción y deconstrucción. Denota una cocreación permanente vinculando presente y pasado a través de cambios organizacionales que incluyen no sólo modificaciones de estructura y proceso, sino también de actitudes en el personal, desde una perspectiva multinivel.