Buah mengkudu mengandung sejumlah senyawa fitogenik. Lama penyimpanan yang berbeda dapat mempengaruhi kualitas produk. Selama penyimpanan berlangsung produk mikrokapsul ekstrak buah mengkudu dapat terjaga kualitasnya dan terlindungi senyawa bioaktifnya dengan metode mikroenkapsulasi. Tujuan penelitian adalah mengetahui pengaruh produk mikrokapsul ekstrak buah mengkudu dengan berbagai penyalut pada lama penyimpanan yang berbeda. Penelitian menggunakan penelitian experimental dengan Rancangan Acak Lengkap yang terdiri dari 10 perlakuan 3 ulangan. Setiap formulasi dilakukan penyimpanan selama 0, 2, 4 minggu. Peubah yang diamati adalah kadar air, aktivitas antioksidan dan sebaran jamur. Proses mikroenkapsulasi ekstrak buah mengkudu memberikan pengaruh yang nyata terhadap kestabilan kadar air, aktivitas antioksidan dan sebaran jamur dibandingkan dengan perlakuan yang tidak dilakukan proses mikroenkapsulasi. Produk mengalami peningkatan kadar air, aktivitas antioksidan dan sebaran jamur seiring dengan lamanya proses penyimpanan.