Isu kelangkaan bahan bakar fosil dan harga bahan bakar yang melambung saat ini masih terus bergulir. Hal ini mendorong para peneliti untuk terus berusaha menemukan bahan bakar energy alternative. Pada penelitian ini telah dilakukan penelitian tentang pembuatan bahan bakar diesel (biodiesel) dari bahan dasar minyak biji kelor yang berasal dari Kota Kupang. Penelitian ini dilaksanakan dalam beberapa tahapan yaitu; (1) penyiapan bahan biji kelor, (2) ekstraksi minyak dari serbuk biji kelor, (3) pembuatan biodiesel dan 4 karakterisasi biodiesel menggunakan metode kromatografi gas-spektrometri massa (GC-MS). Hasil penelitian menunjukkan minyak biji kelor yang dihasilkan berwarna kuning dengan kadar sebesar 48,57% (b/b). Sementara hasil proses transesterifikasi menunjukkan biodiesel yang dihasilkan berwarna kuning dengan rendemen sebesar 25% (v/v). Karakterisasi dengan GC-MS menunjukkan bahwa biodiesel mengandung tiga belas senyawa. Namun yang utama ada enam metil ester dengan nama dan prosentase berturut-turut; metil pentadekanoat (6,17%), metil 11-oktadekanoat (71,21%), metil oktadekanoat (3,14%), siklo pentadekanoat (2,93%), metil eikosanoat (2,67%) dan metil dokosanoat (7,89%). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kadar minyak pada biji kelor asal Kota Kupang lebih tinggi dari beberapa daerah lain di Indonesia. Sementara biodiesel yang dihasilkan walaupun rendemennya cukup tinggi namun warna biodieselnya masih kuning keruh, sehingga masih perlu pemurnian lebih lanjut.