Thalassiosira sp. adalah salah satu jenis plankton mikroalga yang biasanya digunakan sebagai pakan alami bagi larva udang Salinitas adalah salah satu faktor yang sangat penting dalam budidaya diatom laut, karena dapat berpengaruh terhadap pertumbuhan diatom. Penelitian bertujuan untuk mengetahui pengaruh salinitas yang berbeda terhadap dinamika populasi dan kualitas air Thalassiosira sp. dan menentukan salinitas yang terbaik terhadap dinamika populasi dan kualitas air Thalassiosira sp. Rancangan penelitian menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan 4 perlakuan dan 3 pengulangan. Adapun perlakuan A yaitu salinitas 20 ppt, perlakuan B yaitu salinitas 25 ppt, perlakuan C yaitu salinitas 30 ppt dan perlakuan D yaitu salinitas 35 ppt. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan dengan menggunakan salinitas yang berbeda memberikan pengaruh nyata terhadap dinamika populasi dan kualitas air Thalassiosira sp. Salinitas terbaik untuk tingkat kepadatan Thalassiosira sp. terdapat pada perlakuan C dengan salinitas 30 ppt yaitu 47.5 x 104 sel/ml yang tertinggi dan perlakuan dengan salinitas terendah berada pada perlakuan D dengan salinitas 35 ppt yaitu 37.4 x 104 sel/ml. Hasil pengukuran kualitas air dengan perlakuan yang menggunakan salinitas yang berbeda (20 ppt, 25 ppt, 30 ppt, dan 35 ppt) menunjukkan nilai kualitas air (suhu, pH, dan intensitas cahaya) masih dalam batas toleransi atau kelanyakan hidup (Baik) Thalassiosira sp.